![\"World](\"https://blog.bioconductor.org/posts/2026-10-12-physalia-sponsored-places/sponsored-places-map.jpg\")
Unsere monatliche Rubrik zu aktuellen Veranstaltungen rund um Open Research.
\nAnmerkung zu dieser Rubrik: Das Open Research Office Berlin erstellt monatlich eine \u00dcbersicht \u00fcber Termine und Veranstaltungen zu Open Access und Open Research in Berlin bzw. an Berliner Einrichtungen. Der Fokus liegt dabei auf unseren Partnereinrichtungen und auf Veranstaltungen, die sich an die \u00d6ffentlichkeit richten bzw. die offen sind f\u00fcr Angeh\u00f6rige der Wissenschafts- und Kulturerbeeinrichtungen in Berlin. Wir erg\u00e4nzen diese Liste gerne (Info bitte via Mail ans OROB).\n\n
Wie gehen Einrichtungen des Kulturerbes mit den Zeugnissen der Vergangenheit um? Nutzen sie diese, um bestimmte Sichtweisen historischer Entwicklungen zu st\u00fctzen, oder \u00fcberlassen sie die Bewertung den Nutzenden und erm\u00f6glichen vor allem den Zugang zu den Quellen? W\u00e4hrend Museen mit kuratierten Ausstellungen h\u00e4ufig st\u00e4rker interpretierend arbeiten, verstehen sich Archive und Bibliotheken traditionell eher als Einrichtungen, die sich auf den Zugang zu ihren Best\u00e4nden konzentrieren. Diese Rollenverteilung ger\u00e4t jedoch unter Druck, wenn es um ein schwieriges Erbe \u2013 etwa rassistische oder antisemitische Zeugnisse \u2013 geht: Archive werden kritisiert, wenn sie scheinbar ungefilterten Zugang gew\u00e4hren, w\u00e4hrend zugleich geschichtspolitische Eingriffe in Kulturerbeeinrichtungen kontrovers diskutiert werden.
\n2026 findet die dritte Ausgabe des gro\u00dfen OER-Fachtags von ORCA.nrw statt. Freuen Sie sich \u00fcber den Tag hinweg auf eine spannende Keynote, Projektvorstellungen, Workshops und viel Austausch & Vernetzung!
\nIm Vortrag wird, ankn\u00fcpfend an das Blockchain-Projekt f\u00fcr digitale Zeugnisse, die EUDI-Wallet thematisiert. Die Historie der Entwicklung dieser digitalen Brieftasche auf EU-Ebene wird vorgestellt und die Funktionen und M\u00f6glichkeiten sowie Detailinformationen zur Sicherheit werden erl\u00e4utert. Der aktuelle Stand der Entwicklung wird betrachtet und in Form einer Demo wird die Nutzung an einem konkreten Beispiel veranschaulicht. Nach einem Blick auf zuk\u00fcnftige Entwicklungen im Bereich \"Digitaler Identit\u00e4ten\", wie z. B. Post-Quanten-Verschl\u00fcsselung oder Alternative Biometrische Identifikationsverfahren (AuBi) schlie\u00dft der Abend mit Raum f\u00fcr Diskussionen \u00fcber die Technologie und deren Nutzung.
\nDer Einsatz von KI Technologien erstreckt sich zunehmend auf zentrale Bereiche politischer Steuerung, von der \u00f6ffentlichen Verwaltung und der Umweltpolitik bis hin zu Grenzregimen und wirtschaftlicher Regulierung. Dabei ver\u00e4ndern sie nicht nur Verfahren; es verschieben sich Machtkonstellationen, Verantwortung und politische Handlungsspielr\u00e4ume. Das Symposium mit \u00f6ffentlicher Paneldiskussion diskutiert KI als systemische Herausforderung f\u00fcr Demokratie und Rechtsstaat. Die Veranstaltung bietet kurze Einf\u00fchrungen in verschiedene Schwerpunkte unserer Forschung und erm\u00f6glicht eine kollaborative Plattform zur Diskussion der systemischen Kosten algorithmischer Governance f\u00fcr demokratische Strukturen. Dies schafft einen offenen Raum f\u00fcr Austausch mit politischen Entscheidungstr\u00e4ger*innen, Vertreter*innen von NGOs, Forschenden sowie allen, die an der Zukunft einer digitalen Gesellschaft interessiert sind.
\nDas Digitale ist ein gro\u00dfes Versprechen: Physische R\u00e4ume und pers\u00f6nliche Speichermedien scheinen ganz \u00fcberfl\u00fcssig zu werden, die Cloud soll ortsunabh\u00e4ngigen, schnellen Zugriff und unbegrenzten Speicherplatz erm\u00f6glichen. Aber was kostet das, welche L\u00f6sungen sind sicher und umweltvertr\u00e4glich?\u00a0Gemeinsam mit bestandserhaltenden Einrichtungen und Vertreter:innen aus Wissenschaft und Forschung wollen wir das Versprechen des Digitalen \u00fcberpr\u00fcfen und konstruktive Vorschl\u00e4ge zur longue dur\u00e9e des digitalen Erbes entwickeln. Es sprechen u.v. a.: Frank Scholze (Deutsche Nationalbibliothek), Richard Ovenden (Bodleian Library Oxford) und Petra Gehring (Rat f\u00fcr Informationsinfrastrukturen).
\nDas Open Science Forum Mitteldeutschland 2026 bringt am 5. Oktober Interessierte zu einem offenen Austausch \u00fcber Open Science als Gestaltungsaufgabe zusammen. Wir widmen uns der Frage, welche Rolle wissenschaftsunterst\u00fctzende Einrichtungen spielen, wenn es um neue Ans\u00e4tze in der Forschungsbewertung, nachhaltige Infrastrukturen und digitale Souver\u00e4nit\u00e4t im Spannungsfeld geopolitischer Entwicklungen geht.
\nIn Archiven, Bibliotheken und anderen Ged\u00e4chtniseinrichtungen lagern bundesweit gef\u00e4hrdete Originale, die Meinungsvielfalt, Rechtsordnungen, historische Entwicklungen und politisches Handeln dokumentieren. Der Erhalt dieser \u00dcberlieferungen ist Grundvoraussetzung f\u00fcr eine quellen- und faktenbasierte Forschung, eine historische Aufarbeitung sowie die Sichtbarmachung gesellschaftlicher Mehrstimmigkeit und Diskurse. Originalerhalt ist grundlegender Bestandteil der Informationssicherung und ein wichtiger Beitrag zu einer lebendigen, urteilsf\u00e4higen und wehrhaften Demokratie \u2013 insbesondere angesichts der zunehmenden Bedrohung durch hybride Desinformation und andere demokratiegef\u00e4hrdende Entwicklungen.
\nDie FDM-Sprechstunde Humanities@NFDI ist eine Online-Beratung f\u00fcr Studierende, Forschende oder Mitarbeitende aus Forschungs- und Sammlungsinstitutionen zu allen Fragen rund um das Forschungsdatenmanagement. Expert:innen aus den geisteswissenschaftlichen NFDI-Konsortien NFDI4Memory, NFDI4Culture, NFDI4Objects und Text+ stehen f\u00fcr Ihre Fragen zu allen Themen rund ums Forschungsdatenmanagement bereit. Bei Bedarf k\u00f6nnen Einzelgespr\u00e4che in Breakoutr\u00e4umen vertieft werden.
\nIncreasing consolidation and commercial control over all aspects of knowledge comes at a cost. This year's theme challenges us to consider the financial, human, and environmental costs of creating, sharing, and sustaining knowledge\u2014particularly when these costs are driven by private rather than public interests. Last year's theme of \"Who owns our knowledge?\" reflected on the reality of commercial ownership of knowledge. This year's theme will reckon with the costs of that reality and avenues for reclaiming control of these systems meant to serve the public interest.
\nIn diesem Workshop lernen die Teilnehmenden datenschutzkonforme KI-Anwendungen und Einsatzm\u00f6glichkeiten kennen, die neue Wege f\u00fcr die Nachnutzung von Forschungsdaten erm\u00f6glichen und zur Verbesserung von Datenqualit\u00e4t, Metadatenverf\u00fcgbarkeit und Zug\u00e4nglichkeit beitragen. Mithilfe konkreter Anwendungsf\u00e4lle aus der Forschung werden die rechtssicheren Einsatzm\u00f6glichkeiten der KI im Datenlebenzyklus vorgestellt.
\nFaires, wissenschaftsgeleitetes Open-Access-Publizieren gewinnt zunehmend an Bedeutung, nicht zuletzt durch die Priorisierungsagenda der BUA-Einrichtungen zur Umsetzung des Open-Science-Leitbilds und das Positionspapier zu Open Research der Berliner Landesinitiative. Doch welche Alternativen zu etablierten, oft kommerziellen Publikationswegen gibt es eigentlich, und wie funktionieren sie? In diesem einst\u00fcndigen Lunch Meeting stellen wir Ihnen ausgew\u00e4hlte Orte und Tools f\u00fcr digitales Publizieren vor.
\nDer Workshop f\u00fchrt in die Grundfunktionen von OpenRefine ein und zeigt an konkreten Anwendungsf\u00e4llen, wie Forschende tabellarische Datens\u00e4tze bereinigen, strukturieren und anreichern k\u00f6nnen. Dabei werden auch geskriptete Bearbeitungsschritte sowie der Import und Export verschiedener Datenformate (CSV, XML, JSON) behandelt. OpenRefine erm\u00f6glicht nicht nur einen schnellen \u00dcberblick \u00fcber gro\u00dfe Datens\u00e4tze, sondern hilft vor allem bei heterogenen und historisch gewachsenen Datens\u00e4tze, die oft inkonsistente Metadaten aufweisen.
\nDer Workshop gibt einen \u00dcberblick \u00fcber ELN-Konzepte, zeigt relevante Forschungsdatenmanagement-Aspekte auf und bietet eine praktische Einf\u00fchrung.
\nDer Aktionstag \"Forschungsdaten@BUA\" l\u00e4dt erstmals Forschende der Berlin University Alliance herzlich ein, \u00fcber den Umgang mit Forschungsdaten ins Gespr\u00e4ch zu kommen, sich auszutauschen und zu vernetzen. Ziel ist es, Best Practices sichtbar zu machen, Erfahrungen auszutauschen und den Dialog \u00fcber den Umgang mit Forschungsdaten \u00fcber die vier BUA-H\u00e4user hinweg auszubauen.
\nIm Rahmen dieses Hands-on-Workshops werden Konzepte zum effizienten, reproduzierbaren und nachvollziehbaren Arbeiten mit Forschungsdaten vermittelt. Ziel ist es, die Teilnehmenden mit verschiedenen Werkzeugen vertraut zu machen und das Bewusstsein f\u00fcr Computational Thinking, Automatisierung sowie die Optimierung eigener Arbeitsprozesse zu sch\u00e4rfen.
\nAm 23.10.2026 von\u202f9\u201316:30\u202fUhr diskutieren Expert*innen in Berlin-Mitte im Workshop \"Resilienz & Sicherheit von wissenschaftlichen Informationsinfrastrukturen\" \u00fcber Risiken und Chancen f\u00fcr offene Forschung, digitale Souver\u00e4nit\u00e4t und Dual\u2011Use. Vortr\u00e4ge, Panels und Praxis\u2011Workshops zu MINT und Digital Humanities geben Tipps zum Datenschutz, zu Open\u2011Source\u2011L\u00f6sungen und zum Aufbau resilienter Daten\u2011Infrastrukturen.\u00a0
\nIm Forschungsalltag stehen Forschende regelm\u00e4\u00dfig vor urheberrechtlichen Fragen: Welche Inhalte darf ich in meiner Arbeit verwenden? Unter welchen Bedingungen kann ich Daten und Materialien offen teilen? Wie gehe ich mit KI-Tools und deren Trainingsdaten rechtssicher um? Dieser Workshop bietet praxisnahe Orientierung f\u00fcr den sicheren Umgang mit gesch\u00fctzten Inhalten und Lizenzen in der wissenschaftlichen Arbeit.
\nIn our three-part workshop series, we explore the relationship between the technical aspects, practical applications and critical reflection of the use of AI in research data management. Participants will learn about various AI tools and use cases for research data management, test, and develop criteria for the meaningful and responsible use of AI in their own work.
\nweiter zu November 2026
","doi":"https://doi.org/10.59350/pzvzm-f9w08","guid":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/?p=4297","language":"de","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1788220800,"rid":"208kg-aed59","summary":"Unsere monatliche Rubrik zu aktuellen Veranstaltungen rund um Open Research. Anmerkung zu dieser Rubrik: Das Open Research Office Berlin erstellt monatlich eine \u00dcbersicht \u00fcber Termine und Veranstaltungen zu Open Access und Open Research in Berlin bzw. an Berliner Einrichtungen.","tags":["Veranstaltungshinweise"],"title":"Veranstaltungshinweise Oktober 2026","updated_at":1791816913,"url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/2026/09/01/veranstaltungshinweise-oktober-2026/","version":"v1"}},{"document":{"authors":[{"affiliation":[{"id":"https://ror.org/046ak2485","name":"Freie Universit\u00e4t Berlin"}],"contributor_roles":[],"family":"Fischer","given":"Georg","url":"https://orcid.org/0000-0001-5620-5759"}],"blog":{"authors":null,"community_id":"52aefd81-f405-4349-b080-754395a5d8b2","created":1694476800,"current_feed_url":null,"description":null,"doi":"https://doi.org/10.59350/oaberlin","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/52aefd81-f405-4349-b080-754395a5d8b2/logo","feed_format":"application/atom+xml","feed_url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/feed/atom/","filter":null,"generator":"WordPress","home_page_url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin","issn":null,"language":"deu","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"oaberlin","status":"active","subfield":"1802","title":"Open Research Blog Berlin","updated":1791816513,"use_api":true},"blog_name":"Open Research Blog Berlin","blog_slug":"oaberlin","content_html":"Unsere monatliche Rubrik zu aktuellen Veranstaltungen rund um Open Research.
\nAnmerkung zu dieser Rubrik: Das Open Research Office Berlin erstellt monatlich eine \u00dcbersicht \u00fcber Termine und Veranstaltungen zu Open Access und Open Research in Berlin bzw. an Berliner Einrichtungen. Der Fokus liegt dabei auf unseren Partnereinrichtungen und auf Veranstaltungen, die sich an die \u00d6ffentlichkeit richten bzw. die offen sind f\u00fcr Angeh\u00f6rige der Wissenschafts- und Kulturerbeeinrichtungen in Berlin. Wir erg\u00e4nzen diese Liste gerne (Info bitte via Mail ans OROB).\n\n
Der Verein \"museum-digital Deutschland\" veranstaltet am 30. Oktober 2026 zum vierten Mal eine bundesweite museum-digital Usertagung. Sie richtet sich an alle Nutzer:innen von museum-digital. Aber auch Interessierte, die bisher noch nicht mit museum-digital arbeiten sind herzlich eingeladen. Es wird Informationen zu den Neuerungen bei museum-digital geben sowie Projektberichte von aktiven Usern. Die Veranstaltung ist kostenfrei und findet online statt. Im Anschluss findet die Mitgliederversammlung f\u00fcr die Mitglieder des Vereins statt. Die Usertagung bietet eine Plattform, bei der Museen ihre Arbeit mit museum-digital vorstellen und sich austauschen k\u00f6nnen.
\nIm Netzwerk Recht und Open Research m\u00f6chten wir Austausch und Vernetzung zu konkreten rechtlichen Fragen bef\u00f6rdern und gemeinsam eine rechtspolitische Interessenvertretung f\u00fcr die offene Forschung initiieren. […]\u00a0Beim ersten Treffen des Netzwerks m\u00f6chten wir einen Raum \u00f6ffnen, um allgemein \u00fcber praktische und strategische Rechtsfragen rund um offene Forschung, Open Access und wissenschaftliches Publizieren zu sprechen und in den Austausch zu kommen.
\nIn dieser Fortbildung lernen Sie die Grundlagen von Open Access und offenen Lizenzen. Das Projekt open-access.network stellt neues Selbstlernmaterial zur Verf\u00fcgung. Es gibt Gelegenheit f\u00fcr \u00dcbungen und Diskussion.
\nForschungsdaten sind ein wesentlicher Bestandteil geowissenschaftlicher Forschung und sollten nach M\u00f6glichkeit offen und nachnutzbar ver\u00f6ffentlicht werden, wobei die beteiligten Forschenden und Institutionen angemessen anerkannt werden sollten. Forschungsdatenrepositorien gew\u00e4hrleisten die langfristige Verf\u00fcgbarkeit von Daten und erm\u00f6glichen deren Identifikation und Zitierbarkeit, beispielsweise durch die Vergabe von DOIs.
\nThis workshop brings together scholars committed to strengthening the reliability, transparency, and cumulative nature of research in the social sciences.
\nDie rasante Verbreitung und die niedrigschwellige Nutzung k\u00fcnstlicher Intelligenz (KI) ver\u00e4ndern nachhaltig die Forschungspraxis an Hochschulen und Wissenschaftseinrichtungen. Die automatisierte Verarbeitung gro\u00dfer Datenmengen sowie ihre Verkn\u00fcpfung und Analyse in k\u00fcrzester Zeit stellen in vielen Disziplinen etablierte Forschungsmethoden in Frage. W\u00e4hrend diese Entwicklungen in datenintensiven F\u00e4chern bereits intensiv diskutiert werden, bleibt bislang offen, welche Konsequenzen sich daraus f\u00fcr kleine F\u00e4cher ergeben.
\nOpen Access ist Gegenstand bibliotheks- und informationswissenschaftlicher Forschung. Auf Grundlage offener Metadaten l\u00e4sst sich empirisch untersuchen, wie sich Publikationsmodelle entwickeln. Die Session beleuchtet zwei sich gegenseitig bedingende Dynamiken: die kommerziell getriebene, jedoch unvollst\u00e4ndige Transformation hybrider Subskriptionszeitschriften sowie die R\u00fcckkehr von community-getragener Diamond-Open-Access-Zeitschriften zu Subskriptions- oder geb\u00fchrenbasierten Modellen.
\nThe 2026 Conference of the Barcelona Declaration on Open Research Information will bring together the international community of signatories, supporters, and other stakeholders, creating a space to advance open research information across institutional contexts and explore how to align policy and practical implementation.
\nDie Veranstaltung bietet einen Raum f\u00fcr Austausch und Diskussion zu offenen Forschungsinformationen in Deutschland. Eingeladen sind Akteure, Einrichtungen, Initiativen und Projekte, die mit Forschungsinformationssystemen, (offenen) Forschungsinformationen und Metadaten arbeiten \u2013 sowohl in der Praxis als auch auf der Ebene von Leitung, Administration, Policy und F\u00f6rderung. Ziel ist es, die teilweise fragmentierten Aktivit\u00e4ten und Communities besser zu vernetzen und offene Forschungsinformationen in der deutschen Wissenschaft \u00fcber institutionelle Grenzen hinweg voranzubringen.
\nDer Workshop \"Beyond Books\" […] beleuchtet die Bedeutung wissenschaftlicher Veranstaltungen f\u00fcr die interne Wissenschaftskommunikation. Neben Einblicken in die von Communities getragenen Plattformen f\u00fcr die Verbreitung von wissenschaftlichen Veranstaltungen wird diskutiert, welche Rolle sie in der Forschungsbewertung spielen und wie sich Metadatenstandards weiterentwickeln lassen. Der Workshop richtet sich an bibliothekarische Fachreferent:innen und hat einen interdisziplin\u00e4ren Zuschnitt. Neben Impulsen zu aktuellen Entwicklungen bietet er Raum f\u00fcr Erfahrungsaustausch und gemeinsame Diskussion dar\u00fcber, wie Bibliotheken in ihrer Rolle als Infrastrukturpartner die Forschung unterst\u00fctzen k\u00f6nnen.
\nUnter dem Leitmotiv der diesj\u00e4hrigen digiS-Konferenz \"Die Zukunft erinnert sich \u2013 Kulturerbe digital weiterdenken. Nachhaltig bewahren, offen teilen\" wollen wir aus unterschiedlichen Perspektiven mit unseren G\u00e4sten diskutieren, welche digitalen Infrastrukturen es braucht, um Kulturdaten krisenfest zu machen und handlungsf\u00e4hig zu bleiben. Wie l\u00e4sst sich Digitalisierung in Institutionen nachhaltig umsetzen? Was bedeutet eine FAIRe und offene Bereitstellung von Daten? Welche Rolle k\u00f6nnen KI-Anwendungen f\u00fcr digitale Nachhaltigkeit und Resilienz spielen? Und welche Werkzeuge, Erfahrungen und Kooperationen stehen uns bereits heute zur Verf\u00fcgung, um uns verl\u00e4sslich und l\u00f6sungsorientiert durch die vielf\u00e4ltigen Herausforderungen des digitalen (Kulturdaten-)Lebens zu bringen?
\nweiter zu Dezember 2026 [in K\u00fcrze]
","doi":"https://doi.org/10.59350/pk0be-geb91","guid":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/?p=4365","language":"de","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791763200,"rid":"zpkjd-9ap55","summary":"Unsere monatliche Rubrik zu aktuellen Veranstaltungen rund um Open Research. Anmerkung zu dieser Rubrik: Das Open Research Office Berlin erstellt monatlich eine \u00dcbersicht \u00fcber Termine und Veranstaltungen zu Open Access und Open Research in Berlin bzw. an Berliner Einrichtungen.","tags":["Allgemein","Veranstaltungshinweise"],"title":"Veranstaltungshinweise November 2026","updated_at":1791816909,"url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/2026/10/12/veranstaltungshinweise-november-2026/","version":"v1"}},{"document":{"authors":[{"contributor_roles":[],"family":"Pecoraro","given":"Carlo"},{"contributor_roles":[],"family":"Doyle","given":"Maria"}],"blog":{"authors":null,"community_id":"587a81eb-1cfa-43f2-8455-dd900c261f6a","created":1754956800,"current_feed_url":null,"description":"A blog for the Bioconductor community!","doi":"https://doi.org/10.59350/bioconductor","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/587a81eb-1cfa-43f2-8455-dd900c261f6a/logo","feed_format":"application/rss+xml","feed_url":"https://blog.bioconductor.org/index.xml","filter":null,"generator":"Quarto","home_page_url":"https://blog.bioconductor.org/","issn":null,"language":"eng","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"bioconductor","status":"active","subfield":"1312","title":"Bioconductor community blog","updated":1791763200,"use_api":null},"blog_name":"Bioconductor community blog","blog_slug":"bioconductor","content_html":"
What difference can a sponsored place on a bioinformatics course make? For some researchers, it means access to training they would otherwise struggle to afford. For others, it is an opportunity to explore a new field, work through unfamiliar analytical methods, or find new ways to approach an existing research question.
\nThrough the Bioconductor\u2013Physalia collaboration, Physalia offers two free places on eligible courses to researchers based in low- and middle-income countries (LMICs). The Bioconductor Community Manager coordinates the application process and works with the Training Committee co-chairs on selecting participants, while Bioconductor helps promote the courses through its community channels. Between November 2025 and October 2026, the programme provided 18 sponsored places across nine courses, covering topics ranging from RNA-seq and proteomics to microbiome analysis, epigenomics and network biology.
\nThe aim is to make specialist training more accessible to researchers who might otherwise miss out on these opportunities. We asked participants what they found useful about their courses and how they planned to use what they had learned. Their responses offer a glimpse into the different ways the training connects with their work.
\nAccess was a recurring theme in the feedback. For Blessing Chioma Oselu, a PhD student and Bioinformatics Research Assistant at Covenant University in Nigeria, the opportunity to attend the Single-cell RNA-seq Analysis with R/Bioconductor course meant learning directly from experts and having structured materials to return to afterward.
\n\"The access to expert teaching and the structured materials were the most valuable parts for me,\" she wrote.
\nBlessing plans to continue working through the recorded sessions at her own pace. For researchers balancing training with other commitments, being able to revisit course material can be just as useful as attending the live sessions.
\nAnother participant, from Benin, came to the Epigenomics Data Analysis course without previous experience in the subject. The step-by-step walkthroughs of methods including ChIP-seq and ATAC-seq helped make the material more manageable.
\n\"I left the course at a clearly higher level than I started, and I feel ready to work with my own data when the time comes,\" the participant reflected.
\nThey also noted that opportunities like this are rare where they are based, and that support from Bioconductor and Physalia made a real difference.
\nParticipants also described how the training related to questions they were already working on, or hoped to explore.
\nFor Amira M. F. Abozaid, a PhD student and Assistant Lecturer at Alexandria University and E-JUST in Egypt, the RNA-seq data analysis with R/Bioconductor course provided a deeper understanding of the RNA-seq workflow, from quality control and normalization to differential expression and visualization.
\nAmira wrote that she had already started applying the workflows to her cancer genomics projects and sharing the skills with colleagues and students at her home institutions.
\nOther participants were looking at different applications. Idris Ishola Adejumobi, a Research Associate at the International Institute of Tropical Agriculture in Nigeria, described how the Epigenomics Data Analysis course broadened his understanding of how epigenetic variation can influence complex traits and complement genomic information in crop improvement. He also identified further training in the integration of epigenomic, genomic, and transcriptomic data as a useful next step for agricultural and plant-breeding research.
\nRabiath Adigoun, a postdoctoral researcher at the University of Abomey-Calavi in Benin, highlighted the relevance of Orchestrating Microbiome Analysis with Bioconductor to her ongoing and future research on plant microbiomes.
\n\"The expertise and methodological skills I have acquired will substantially strengthen my ongoing and future research on the plant microbiome in Benin and across Africa,\" she wrote.
\nSally Karimi Kinyua, a Research Assistant based in Kenya, attended the Network Analysis in Systems Biology with R/Bioconductor course. She hopes to apply what she learned about gene networks to research into mutations associated with malaria resistance. Sally also highlighted how the sponsored place gave her access to training that would otherwise have been out of reach because of limited resources.
\nThese examples span different fields, but the underlying theme is similar: participants are looking for ways to connect computational methods with the biological questions they want to answer.
\nSometimes, what matters most is finding a way into a subject that initially seems difficult.
\nA participant in the Statistical Methods for Metatranscriptomics course described how the practical sessions helped make complex concepts easier to follow. They particularly appreciated the explanations of foundational terminology before moving on to more technical material.
\nThe course also introduced them to ways of analysing microbial gene expression data using computational tools and reproducible workflows. Coming from a bachelor's degree background, they described it as one of their first deeper exposures to this area of bioinformatics.
\nAnother participant, Binod Rayamajhee, a Research Fellow at the Kathmandu Research Institute for Biological Sciences in Nepal, highlighted the course's combination of conceptual teaching and practical work with Bioconductor tools.
\nThe training relates directly to his work in microbiome data analysis, and he anticipates applying the methods to study host\u2013microbe interactions in bowel disease models.
\nBinod also hopes to share what he learned through workshops and one-to-one mentoring with colleagues and junior researchers, particularly those working in resource-limited settings.
\nKnowledge sharing appeared in several participants' reflections, whether through helping colleagues, teaching students, or bringing new analytical approaches into research groups.
\nSandra Achieng Otieno, an MSc student at icipe in Kenya, attended the microbiome analysis course. She was particularly interested in learning how to structure microbiome data using TreeSummarizedExperiment and how different transformations can affect downstream analyses, including diversity estimation and ordination.
\nShe hopes to apply these skills to research combining microbiome data with target gene expression and elemental analysis.
\nAs Sandra put it, the course gave her \"a clearer framework for integrating multi-omics biological data in a structured and reproducible way.\"
\nFor others, training may also open the door to contributing to Bioconductor itself. Marco Antonio Campan\u00e1rio Sampaio, a PhD student in Brazil who attended the Developing R/Bioconductor Packages for Genomics course, wrote, \"I hope to become a contributor to the Bioconductor community soon.\"
\nThese are plans at different stages, and their longer-term outcomes remain to be seen. Still, it is useful to hear participants identify specific methods they want to try, datasets they want to analyse, and colleagues with whom they hope to share their knowledge.
\nThe feedback collected so far gives us a better sense of what participants value in specialist bioinformatics training. Expert teaching and well-organised materials matter, as do practical exercises that make unfamiliar methods easier to approach. Just as importantly, participants want to connect what they learn to their own research.
\nWe would like to thank everyone who shared their reflections, along with the instructors and organisers who contributed to the courses. We'd also like to thank Laurah Nyasita Ondari for helping promote these opportunities through Bioconductor's social media channels.
\nWe hope to hear from participants again as they put their new skills into practice. In the meantime, their experiences offer a useful reminder of why access to training matters: it gives researchers more opportunities to learn new methods, explore their research questions, and contribute to the scientific communities around them.
\nFor the full list of the Physalia courses and workshops, please visit www.physalia-courses.org. To find out more about the collaboration, explore the Bioconductor-Physalia course listings, including upcoming courses and how to apply for a sponsored place.
\nInterested in developing or teaching a Bioconductor-related course? Physalia welcomes ideas from potential instructors and is happy to discuss possible topics, content and formats. Get in touch with Physalia to explore an idea.
\nThis article is also published on the Physalia website.
\n\n\u00a9 2026 Bioconductor. Content is published under Creative Commons CC-BY-4.0 License for the text and BSD 3-Clause License for any code. | R-Bloggers\n
","doi":"https://doi.org/10.59350/fv9aq-4w744","guid":"https://blog.bioconductor.org/posts/2026-10-12-physalia-sponsored-places/","image":"https://blog.bioconductor.org/posts/2026-10-12-physalia-sponsored-places/sponsored-places-map.jpg","language":"en","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791763200,"rid":"85se5-0j441","summary":"What difference can a sponsored place on a bioinformatics course make? For some researchers, it means access to training they would otherwise struggle to afford. For others, it is an opportunity to explore a new field, work through unfamiliar analytical methods, or find new ways to approach an existing research question.","tags":["Education","Collaborations","Physalia"],"title":"Beyond the course: Reflections from the Bioconductor\u2013Physalia sponsorship programme","updated_at":1791816904,"url":"https://blog.bioconductor.org/posts/2026-10-12-physalia-sponsored-places/","version":"v1"}},{"document":{"authors":[{"contributor_roles":[],"family":"Fortmann-Grote","given":"Carsten","url":"https://orcid.org/0000-0002-2579-5546"}],"blog":{"authors":[{"name":"Carsten Fortmann-Grote","url":"https://orcid.org/0000-0002-2579-5546"}],"community_id":"cd9d18d0-a45a-4f7d-9672-2b7047aaf6ec","created":1780876800,"current_feed_url":null,"description":"Recent content on SciComp Blog","doi":"https://doi.org/10.59350/scicomp","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/cd9d18d0-a45a-4f7d-9672-2b7047aaf6ec/logo","feed_format":"application/rss+xml","feed_url":"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/index.xml","filter":null,"generator":"Hugo","home_page_url":"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/","issn":null,"language":"eng","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":null,"slug":"scicomp","status":"active","subfield":"1105","title":"SciComp Blog","updated":1791756000,"use_api":null},"blog_name":"SciComp Blog","blog_slug":"scicomp","content_html":"At the MPI for Evolutionary Biology we decided to move our institutional\ndatabase of chemicals from a spreadsheet document into our ELN and LIMS system\nOpenBIS (Barillari et al. 2015). Unsurprisingly, the spreadsheet is a messy\npiece of data and needed cleanup. Here, I'm documenting bits and pieces from the cleanup\nprocess using OpenRefine (Kusumasari and Fitria 24AD).
\nCleaning up the data involved:
\nThe text facet groups entries with the same Name value. Similar names appear appear adjacently if sorted alphabetically.
![Figure 1: OpenRefine screenshot with facet on `Name` column showing 3 variants of \"Ammonium chloride\".](\"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/ox-hugo/2026-10-09_23-19-08_screenshot.png\"/)
\nFigure 1: OpenRefine screenshot with facet on `Name` column showing 3 variants of \"Ammonium chloride\".
\nFurther \"close\"\nneighbors can be found by clustering the facet using either \"Key Collision\" or \"Nearest Neighbors\". Increase the radius parameter to find\nmore distant neighbors.
Select the values to be merged and select which value to merge into.
\n\n![Figure 2: Cluster dialogue with clustered =Name=s using the \"Key collision\" method. Various variants of the same chemical name are identified and can be merged.](\"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/ox-hugo/2026-10-09_23-21-20_screenshot.png\"/)
\nFigure 2: Cluster dialogue with clustered =Name=s using the \"Key collision\" method. Various variants of the same chemical name are identified and can be merged.
\nI need pubchem and CAS IDs. Depending on whether only one or both are missing, I have to apply a\ndifferent approaches to retrieving the missing ID(s).
\nPubchem IDs are retrieved by searching pubchem's PUG API (Kim et al. 2018).\nWe start from the Name column and select \"Add new column by fetching URLs\"\nfrom the column menu under \"Edit column\u2026\". Enter the GREL expression
\"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/names/\"+escape(value, 'urlfragment').toLowercase()+\"/cids/txt\"\nExample: Pubchem ID for Sodium hydroxide (NaOH).
\nE.g. for NaOH, the request
curl \"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/naoh/cids/txt\"\ncurl command to retrieve the CID for sodium hydroxide (NaOH) from pubchem's PUG API,\n yielding
\n14798\nHere, we examplified a compound ID request. For pubchem substances, replace\ncompound by substance and cids by sids in the code above.
The PUG API exposes CAS IDs under the identifiers endpoint, setting identifier_type to \"CAS\":
\"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/\"+value+\"/identifiers/JSON?identifier_type=CAS\"\nFor our example, NaOH:
\n\ncurl \"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/14798/identifiers/JSON?identifier_type=CAS\"\ncurl command to get the CAS ID for sodium hydroxide (NaOH, CID:14798).\n{\n \"InformationList\": {\n \"Information\": [\n {\n \"CID\": 14798,\n \"Identifiers\": [\n {\n \"Type\": \"CAS\",\n \"Identifier\": \"1310-73-2\"\n },\n {\n \"Type\": \"CAS\",\n \"Identifier\": \"81133-20-2\"\n }\n ]\n }\n ]\n }\n}\nThe JSON response is then processed using the GREL function parseJson(). We\ntake the Identifiers list and wrap it in a forEach loop, taking out the\nIdentifier value from each element. The returned list of elements is finally\nconverted into a string separated by newlines.
forEach(value.parseJson().InformationList.Information[0].Identifiers,\n val,\n val.Identifier\n ).join(\"\\n\")\nChemicals often have more than one name. E.g. sodium hydroxide is variable known as NaOH, caustic soda, soda lye, etc.\nThis is further complicated by spelling variations and capitalization.\nThe database should be constructed in a way that supports searching for a given\nchemical by any of its known synonyms. In the cleanup stage, we also make use of the synonyms to check if the given\nname matches any of the synonyms obtained via the pubchem ID.
\nTo fetch the synonyms, we first run the following PUG request on the pubchem compound id column.
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/\"+value+\"/synonyms/json\"\nAs an example, to fetch the synonyms of NaOH, we run
\ncurl \"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/14798/synonyms/json\"\n{\n \"InformationList\": {\n \"Information\": [\n {\n \"CID\": 14798,\n \"Synonym\": [\n \"SODIUM HYDROXIDE\",\n \"1310-73-2\",\n \"Caustic soda\",\n \"Sodium hydrate\",\n \"Aetznatron\",\n \"Soda lye\",\n \"White caustic\",\n \"Soda, caustic\",\n \"Natriumhydroxid\",\n \"Rohrputz\",\n \"Plung\",\n \"Collo-Grillrein\",\n \"Collo-Tapetta\",\n \"Fuers Rohr\",\n \"Rohrreiniger Rofix\",\n ...\n ]\n }\n ]\n }\n}\nThe JSON response is then parsed with parseJson() and the resulting list is transformed\ninto a string of synonyms separated by newline characters:
value.parseJson()[\"InformationList\"][\"Information\"][0][\"Synonym\"].join(\"\\n\")\nA great portion of wrong pubchem IDs could be detected by checking if the\nchemical name in the spreadsheet is contained in the list of synonyms. To this end we use\nthe GREL expression
\ninArray(cells['PubChem Synonyms'].value.toLowercase().split(\"\\n\"), cells['Name'].value.toLowercase())\ninArray(list, string) returns true if string is contained in list and false otherwise.\nNote the conversion to lowercase to make strings comparable.
In many cases, the CAS ID is contained in the list of synonyms. However, this data is less\nreliable than the identifiers API endpoint used above (see here) but may serve as another cross check. To extract\nCAS IDs from the synonyms, we use the GREL function find() with the regular expression
value.find(/[0-9]{2,8}-[0-9]{2}-[0-9]{1}/).sort().join(\"\\n\")\nSince find() returns a list of matching strings, these have to be joined into a single string.
Now let's get the chemical's names. Here, we use the CAS API\n(\"CAS Common Chemistry\" 2026). It requires an authentication token passed to\nthe endpoint through a X-API-KEY header. This however is not possible in OpenRefine, which only supports passing\ndefined headers as illustrated in Figure 3.
![\"Figure](\"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/ox-hugo/2026-10-12_07-52-03_screenshot.png\"/)
\nFigure 3: Openrefine widget to customize certain http headers. The `X-API-KEY` header is not supported.
\nSo here I had to take a detour. I first exported the entire project to a csv\nfile (Export/Comma separated value). From the csv, I extract the column\ncontaining the cas numbers. Note that one cell may contain multiple CAS\nnumbers separated by newlines. The csv export may have introduced quotes to\ndelimit these multiline cells. Those quotes have to be removed, too. The result\nis a one column csv file with exactly one CAS ID per line. Duplicates can now\nbe removed by feeding the csv through a
sort | uniq\npipeline.
\nI then fetch the entire JSON blob of metadata on record for each CAS ID using curl. The following\nscript wraps curl with all required headers:
#! /usr/bin/bash\ncas=\"$1\"\ncurl -X 'GET' \\\n -H 'accept: application/json' \\\n -H 'x-origin: https://commonchemistry.cas.org/api-overview' \\\n -H 'X-API-KEY: <my-api-key>' \\\n \"https://commonchemistry.cas.org/direct-api/detail?cas_rn=${cas}\"\ncurl to fetch metadata records from the CAS API in JSON format.\nE.g. to get the NaOH data:
\ncas 1310-73-2\n{\"uri\":\"substance/pt/1310732\",\"rn\":\"1310-73-2\",\"name\":\"Sodium hydroxide\",\"images\":[\"<svg width=\\\"100\\\" viewBox=\\\"0 0 100 15\\\" style=\\\"fill-opacity:1; color-rendering:auto; color-interpolation:auto; text-rendering:auto; stroke:black; stroke-linecap:square; stroke-miterlimit:10; shape-rendering:auto; stroke-opacity:1; fill:black; stroke-dasharray:none; font-weight:normal; stroke-width:1; font-family:'Open Sans'; font-style:normal; stroke-linejoin:miter; font-size:12; stroke-dashoffset:0; image-rendering:auto;\\\" height=\\\"15\\\" class=\\\"cas-substance-image\\\" xmlns:xlink=\\\"http://www.w3.org/1999/xlink\\\" xmlns=\\\"http://www.w3.org/2000/svg\\\"><svg class=\\\"cas-substance-single-component\\\"><rect y=\\\"0\\\" x=\\\"0\\\" width=\\\"100\\\" stroke=\\\"none\\\" ry=\\\"7\\\" rx=\\\"7\\\" height=\\\"15\\\" fill=\\\"white\\\" class=\\\"cas-substance-group\\\"/><svg y=\\\"0\\\" x=\\\"23\\\" width=\\\"54\\\" viewBox=\\\"0 0 54 15\\\" style=\\\"fill:black;\\\" height=\\\"15\\\" class=\\\"cas-substance-single-component-image\\\"><svg><g ><g transform=\\\"translate(25,7)\\\" style=\\\"text-rendering:geometricPrecision; color-rendering:optimizeQuality; color-interpolation:linearRGB; stroke-linecap:butt; image-rendering:optimizeQuality;\\\" ><line y2=\\\"0\\\" style=\\\"fill:none;\\\" x1=\\\"-6.2109\\\" x2=\\\"9.0625\\\" y1=\\\"0\\\" /><path d=\\\"M-15.0859 4.1562 L-16.2266 4.1562 L-20.9141 -3.0312 L-20.9609 -3.0312 Q-20.8672 -1.7656 -20.8672 -0.7188 L-20.8672 4.1562 L-21.7891 4.1562 L-21.7891 -4.4062 L-20.6641 -4.4062 L-15.9922 2.75 L-15.9453 2.75 Q-15.9453 2.5938 -15.9922 1.7344 Q-16.0391 0.875 -16.0234 0.5 L-16.0234 -4.4062 L-15.0859 -4.4062 L-15.0859 4.1562 ZM-8.9297 4.1562 L-9.1328 3.2344 L-9.1797 3.2344 Q-9.6484 3.8438 -10.1328 4.0625 Q-10.6016 4.2812 -11.3203 4.2812 Q-12.2734 4.2812 -12.8203 3.7812 Q-13.3672 3.2812 -13.3672 2.375 Q-13.3672 0.4375 -10.2578 0.3438 L-9.1641 0.3125 L-9.1641 -0.0938 Q-9.1641 -0.8438 -9.4922 -1.2031 Q-9.8047 -1.5625 -10.5234 -1.5625 Q-11.3359 -1.5625 -12.3359 -1.0781 L-12.6484 -1.8281 Q-12.1641 -2.0781 -11.6016 -2.2188 Q-11.0391 -2.375 -10.4609 -2.375 Q-9.3203 -2.375 -8.7734 -1.8594 Q-8.2109 -1.3594 -8.2109 -0.2344 L-8.2109 4.1562 L-8.9297 4.1562 ZM-11.1328 3.4688 Q-10.2266 3.4688 -9.7109 2.9688 Q-9.1797 2.4688 -9.1797 1.5781 L-9.1797 1 L-10.1641 1.0312 Q-11.3203 1.0781 -11.8359 1.4062 Q-12.3359 1.7188 -12.3359 2.3906 Q-12.3359 2.9219 -12.0234 3.2031 Q-11.7109 3.4688 -11.1328 3.4688 Z\\\" style=\\\"stroke-linecap:square; stroke:none;\\\" /></g><g transform=\\\"translate(25,7)\\\" style=\\\"fill:rgb(230,0,0); text-rendering:geometricPrecision; color-rendering:optimizeQuality; image-rendering:optimizeQuality; font-family:'Open Sans'; stroke:rgb(230,0,0); color-interpolation:linearRGB;\\\" ><path style=\\\"stroke:none;\\\" d=\\\"M18.9375 -0.0703 Q18.9375 1.9922 17.8906 3.1797 Q16.8594 4.3516 15.0156 4.3516 Q13.125 4.3516 12.0938 3.1953 Q11.0625 2.0234 11.0625 -0.0859 Q11.0625 -2.1797 12.0938 -3.3203 Q13.125 -4.4766 15.0156 -4.4766 Q16.875 -4.4766 17.9062 -3.3047 Q18.9375 -2.1328 18.9375 -0.0703 ZM12.1094 -0.0703 Q12.1094 1.6641 12.8438 2.5703 Q13.5938 3.4766 15.0156 3.4766 Q16.4375 3.4766 17.1562 2.5859 Q17.8906 1.6797 17.8906 -0.0703 Q17.8906 -1.8047 17.1562 -2.6953 Q16.4375 -3.5859 15.0156 -3.5859 Q13.5938 -3.5859 12.8438 -2.6797 Q12.1094 -1.7891 12.1094 -0.0703 Z\\\" /><path style=\\\"stroke:none;\\\" d=\\\"M26.4531 4.2266 L25.4531 4.2266 L25.4531 0.1953 L20.9375 0.1953 L20.9375 4.2266 L19.9375 4.2266 L19.9375 -4.3359 L20.9375 -4.3359 L20.9375 -0.6953 L25.4531 -0.6953 L25.4531 -4.3359 L26.4531 -4.3359 L26.4531 4.2266 Z\\\" /></g></g></svg></svg></svg></svg>\"],\"inchi\":\"InChI=1S/Na.H2O/h;1H2/q+1;/p-1\",\"inchiKey\":\"InChIKey=HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M\",\"smile\":\"\",\"canonicalSmile\":\"[Na]O\",\"molecularFormula\":\"HNaO\",\"molecularMass\":\"40.00\",\"experimentalProperties\":[{\"name\":\"Boiling Point\",\"property\":\"1388 \u00b0C\",\"sourceNumber\":1},{\"name\":\"Melting Point\",\"property\":\"323 \u00b0C\",\"sourceNumber\":1},{\"name\":\"Density\",\"property\":\"2.13 g/cm\u00b3 @ Temp: 25 \u00b0C\",\"sourceNumber\":1}],\"propertyCitations\":[{\"docUri\":\"\",\"sourceNumber\":1,\"source\":\"Hazardous Substances Data Bank data were obtained from the National Library of Medicine (US)\"}],\"synonyms\":[\"Collo-Tapetta\",\"E 33\",\"Sodium hydroxide (Na(OH))\",\"ma-D 331\",\"Reasol\",\"Promoter 3308B\",\"Soda, caustic\",\"Ascarite\",\"Sodium hydroxide\",\"MeSH ID: D012972\",\"Caustic soda\",\"White caustic\",\"MO 67\",\"G 19852H\",\"StamperPrep\",\"Caustic Solution 70TW\",\"GR (alkali reagent)\",\"GR (sodium hydroxide)\",\"Tosoh Pearl\",\"BO-200B\",\"NSC 135799\",\"RNase AWAY\",\"Collo-Grillrein\",\"Aetznatron\",\"E 33 (hydroxide)\",\"DL \u03b1\",\"FC 4370\",\"S/4920/AP1\"],\"replacedRns\":[\"8012-01-9\",\"1418731-95-9\",\"2319645-49-1\",\"2391974-94-8\",\"2803584-94-1\"],\"hasMolfile\":true}\nExecuting the bash script call in a while loop then writes all CAS records in individual JSON files:
while read c\ndo\n cas $c > $c.json\ndone < cas_ids.csv\ncas_ids.csv and writing retrieved data to individual JSON files for each record.\nwhere cas_ids.csv is the aforementioned file containing on CAS ID per line.
In principle I could now use the \"Add column by fetching URLs\" function in\nopenrefine to load each JSON blob into openrefine by querying a small web server running from\nthe directory containing the JSON files. The difficulty is that there\nare multiple CAS IDs per row (I tried solving this by converting to records but\nfailed). Hence I need to load the JSON blobs while looping over the CAS IDs in a\ngiven row. Luckily, openrefine let's me write python code\u00a01:
\n\nimport os\nimport json\n\ncas_names = []\nfor val in list(set(value.split(\"\\n\"))):\n cn = None\n\n try:\n with open(os.path.join(val+\".json\"),\"r\") as ifh:\n cas_json = json.load(ifh)\n ifh.close()\n except: continue\n\n cn = cas_json.get(\"name\")\n\n if cn is not None:\n cn = cn.replace('<span class=\"text-smallcaps\">',\"\").replace('</span>',\"\").replace('<em>',\"\").replace('</em>',\"\")\n cas_names.append(cn)\n else: continue\n\n return \"\\n\".join(cas_names)\nThe .replace() calls get rid of the occasionally inserted html markup.
Having the CAS names, I can now cross check against the pubchem synonyms. I use the following GREL expression\nto check all elements in the list of CAS names against the list of pubchem synonyms, returning true if the CAS name\nis contained in the pubchem synonyms, false if not.
inArray(\n forEach(\n cells['CAS name'].value.toLowercase().split(\"\\n\"),\n cas_name,\n inArray(\n cells['PubChem Synonyms'].value.toLowercase().split(\"|\"),\n cas_name).toString()),\n \"true\"\n)\nBarillari, Caterina, Diana S. M. Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. 2015. \"openBIS ELN-LIMS: an open-source database for academic laboratories.\" Bioinformatics 32 (4). Narnia: 638\u201340. doi:10.1093/bioinformatics/btv606.
\n\"CAS Common Chemistry.\" 2026. https://commonchemistry.cas.org/api-overview.
\nKim, Sunghwan, Paul A. Thiessen, Tiejun Cheng, Bo Yu, and Evan E. Bolton. 2018. \"An Update on PUG-REST: RESTful Interface for Programmatic Access to PubChem.\" Nucleic Acids Research 46 (July): W563\u201370. doi:10.1093/nar/gky294.
\nKusumasari, Tien Fabrianti, and Fitria. 24AD. \"Data Profiling for Data Quality Improvement with OpenRefine.\" In 2016 International Conference on Information Technology Systems and Innovation (ICITSI), 1\u20136. Bandung, Indonesia: IEEE. doi:10.1109/ICITSI.2016.7858197.
\nI could have made the CAS API requests in a jython script in the first place, but only realized this after the fact.\u00a0\u21a9\ufe0e
\nThe science blog archive Rogue Scholar is paying for the Internet Archive Archive-It service to help archive participating blogs since October 2023. This week a deeper integration is launching, linking blog posts to the archived versions in the Rogue Scholar record sidebar, and linking the blog community to the Archive-It collection.
Rogue Scholar is archiving every blog post from participating blogs as HTML and PDF attachment using the PDF/A-3A archival format. The PDFs have the full-text HTML and Schema.org metadata embedded as attachments, making extraction of content and metadata much easier. The PDFs are automatically imported into the Zotero reference manager thanks to a nice intergration with Crossref and OpenAlex.
![\"\"](\"https://storage.ghost.io/c/c5/33/c533c955-b5f3-4ff1-ae2d-6b52a212e602/content/images/2026/10/Bildschirmfoto-2026-10-12-um-12.50.16.png\")
The Archive-It service archives websites, including blogs, as Web ARCive (WARC) archives, which nicely complements the approach using archival PDFs. In the past few weeks I have worked on an invenio module (invenio-archive-it) that integrates Rogue Scholar \u2013 or any other repository using the InvenioRDM repository platform \u2013 with Archive-it. The module provides two links:
![\"\"](\"https://storage.ghost.io/c/c5/33/c533c955-b5f3-4ff1-ae2d-6b52a212e602/content/images/2026/10/Bildschirmfoto-2026-10-12-um-12.33.45.png\")
![\"\"](\"https://storage.ghost.io/c/c5/33/c533c955-b5f3-4ff1-ae2d-6b52a212e602/content/images/2026/10/Bildschirmfoto-2026-10-12-um-12.37.32.png\")
![\"\"](\"https://storage.ghost.io/c/c5/33/c533c955-b5f3-4ff1-ae2d-6b52a212e602/content/images/2026/10/Bildschirmfoto-2026-10-12-um-12.42.36.png\")
Implementing this for all currently 207 participating blogs will take until the end of the year. Mainly because the process is not yet fully automated and needs some configuration work in the Archive-It web interface. But the end result is long-term archiving of participating science blogs in multiple formats and places, complementing the use of DOIs and metadata for blog posts of participating blogs.
Please reach out via Slack, email, Mastodon, or Bluesky if you have questions about the archiving blog posts.
At first glance, muddy, low-oxygen waters seem unattractive. For some highly specialized fish species, however, they are vital refuges. It is precisely these habitats that are increasingly threatened in Europe.
\n\n\n\nA new special issue in the journal Nature Conservation, recently published and edited by an expert group led by Josef Wanzenb\u00f6ck, is dedicated to these unique fish and their importance for wetland conservation.
\n\n\n\nThe special issue “Biology and conservation of wetland fishes in Europe” brings together selected papers from the international conference \"The Fish of Muddy Waters,\" which took place in Vienna in October 2025. The focus was on fish species adapted to the specific conditions of wetlands and their surrounding areas.
\n\n\n\n![\"Fish](\"https://i0.wp.com/blog.pensoft.net/wp-content/uploads/2026/10/oo_1805187.jpg?ssl=1\")
These include, among others, the European mud minnow (Umbra krameri), the weatherfish (Misgurnus fossilis), and the crucian carp (Carassius carassius). At the same time, non-native fish species that have since become established in the peripheral areas of floodplains and other wetland habitats were also examined, and their impact on ecosystems was discussed.
\n\n\n\nWhat makes these fish special is their ability to cope with conditions under which many other species could not survive. In small, muddy bodies of water, oxygen levels can be very low at times. The fish species found there are adapted to these extreme conditions and can therefore provide important insights into the state of their habitat. This means that fish inhabiting wetlands are much more than just rare species. They can serve as indicators of the ecological health of their habitats. If these specialized fish are struggling, this often points to changes or a deterioration in the entire ecosystem.
\n\n\n\n![\"Distribution](\"https://i0.wp.com/blog.pensoft.net/wp-content/uploads/2026/10/oo_1804425.jpg?ssl=1\")
For instance, a study by Sallai et al., covers 50 years of records from Hungary, the core of the European mud minnow's range, found that the species has disappeared from 44% of its historically known localities. Its lineage is roughly 60 million years old, yet surviving populations are increasingly confined to artificial canals. In the research article, drying wetlands emerged as the clearest threat.
\n\n\n\n![\"Umbra](\"https://i0.wp.com/blog.pensoft.net/wp-content/uploads/2026/10/oo_1805186.jpg?ssl=1\")
The issue also offers cause for hope. Bajomi and col. showed that in two small, isolated artificial ponds, mud minnows released by conservation teams were still breeding 7 to 10 years later, which shows that carefully designed translocations can create safe refuges for the European mudminnow (Umbra krameri).
\n\n\n\nFor more research like this, access the full Special Issue here: https://natureconservation.pensoft.net/issue/5260/
\n\n\n\nThis was precisely the focus of the conference \"The Fish of Muddy Waters.\" The goal was to strengthen the link between research and conservation and to draw attention to fish species that often receive less public attention than larger or economically more significant species. The exchange between international scientists and representatives of nature conservation organizations should help to consolidate existing knowledge and develop new approaches to the protection of endangered wetland fish.
\n\n\n\nFish have always held a firm place in our culture and are closely linked to the use of water bodies. However, the little-known inhabitants of wetlands reveal another side of this relationship: they highlight just how closely the conservation of individual species is tied to the protection of their habitats. Research on these species can thus also help raise awareness of the importance of wetlands and lay the groundwork for more effective biodiversity conservation.
\n\n\n\nThis newly published special issue offers insight into current research on these specialized fish species and makes selected results of the Vienna conference accessible to an international audience of experts.
\n\n\n\nCover image credit to: Lukas Fuxjaeger
\n\n","doi":"https://doi.org/10.59350/hvxk6-e1725","guid":"https://blog.pensoft.net/?p=21171","image":"https://blog.pensoft.net/wp-content/uploads/2026/10/16_9-Journal-comms-1.png","language":"en","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791763200,"rid":"98z2a-qex83","summary":"Tweet At first glance, muddy, low-oxygen waters seem unattractive. For some highly specialized fish species, however, they are vital refuges. It is precisely these habitats that are increasingly threatened in Europe.","tags":["Nature Conservation","Biodiversity","Conservation","Crucian Carp","European Mud Minnow"],"title":"New special issue highlights threatened fish of European wetlands","updated_at":1791797711,"url":"https://blog.pensoft.net/2026/10/12/new-special-issue-highlights-threatened-fish-of-european-wetlands/","version":"v1"}},{"document":{"authors":[{"contributor_roles":[],"family":"Julia Hoffmann","given":"Petra Mensing"}],"blog":{"authors":null,"community_id":"db0d8909-9e37-46d0-b16c-0551f575e86b","created":1749772800,"current_feed_url":null,"description":"Das Blog der TIB \u2013 Leibniz-Informationszentrum Technik und Naturwissenschaften und Universit\u00e4tsbibliothek","doi":"https://doi.org/10.65527/tib","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/db0d8909-9e37-46d0-b16c-0551f575e86b/logo","feed_format":"application/atom+xml","feed_url":"https://blog.tib.eu/feed/atom/","filter":null,"generator":"WordPress","home_page_url":"https://blog.tib.eu/","issn":null,"language":"deu","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.65527","relative_url":null,"secure":true,"slug":"tib","status":"active","subfield":"1802","title":"TIB-Blog","updated":1791784686,"use_api":true},"blog_name":"TIB-Blog","blog_slug":"tib","content_html":"Open Science und geistiges Eigentum werden oft als Gegens\u00e4tze verstanden: hier der freie Zugang zu Wissen, dort Patente, Urheberrechte und andere Schutzrechte. F\u00fcr den Transfer von Forschung in die Praxis greift diese Gegen\u00fcberstellung jedoch zu kurz. Die entscheidende Frage ist vielmehr: Was sollte offen sein, was muss gesch\u00fctzt werden \u2013 und wann?
\nDieser Frage wurde auf der Innovations-Roadshow des Deutschen Patent- und Markenamtes (DPMA) am 8. September 2026 in Hannover an der TIB nachgegangen.
\n![\"Teilnehmende](\"https://blog.tib.eu/wp-content/uploads/2026/10/2026-innovations-roadshow-1-1024x768.jpg\")
Forschungsergebnisse sind mehr als wissenschaftliche Publikationen. Sie entstehen als Daten, Software, Modelle, Videos, Prototypen oder technische Erfindungen. Damit stellen sich zugleich Fragen nach Zug\u00e4nglichkeit, Nachnutzung, Urheberrecht und gewerblichem Rechtsschutz.
\nWer Forschung offen zug\u00e4nglich machen und Innovation erm\u00f6glichen will, muss deshalb beides zusammendenken: Offenheit und Schutz.
\nEine wichtige Schnittstelle daf\u00fcr ist das Patentinformationszentrum (PIZ) Hannover an der TIB. Seit 1878 unterst\u00fctzt es dabei, technisches Wissen und Informationen \u00fcber Schutzrechte zug\u00e4nglich und nutzbar zu machen. Heute ist das PIZ das einzige Patentinformationszentrum in Niedersachsen und Kooperationspartner des Deutschen Patent- und Markenamts.
\nZu den kostenfreien Basisdiensten geh\u00f6ren Informationen und Fachliteratur zu Patenten und gewerblichen Schutzrechten, Unterst\u00fctzung bei Recherchen in Patent- und Schutzrechtsdatenbanken sowie Informationen zu nationalen und internationalen Schutzrechtsverfahren. Veranstaltungen und Sensibilisierungsangebote vermitteln zudem Grundlagen des gewerblichen Rechtsschutzes.
\nDabei versteht sich das PIZ Hannover als neutrale Lotsenstelle: Die kostenfreie Erfindererstberatung kann bei Bedarf zu IHK oder Patentanwaltschaft weiterf\u00fchren. F\u00fcr spezialisierte Recherchen, Analysen oder Patentstatistiken werden geeignete Anbieter und Einrichtungen vermittelt. Auch bei Fragen zu Verwertung, Schutzrechtsmanagement oder F\u00f6rderm\u00f6glichkeiten verweist das PIZ auf die jeweils zust\u00e4ndigen Stellen.
\nSo bietet das PIZ einen kostenfreien, neutralen und niedrigschwelligen Zugang zu Informationen und Orientierung im Netzwerk der Schutzrechts- und F\u00f6rderangebote.
\nF\u00fcr Forschende beginnt der Mehrwert oft schon vor einer Patentanmeldung: Welche L\u00f6sungen gibt es bereits? Was wurde schon ver\u00f6ffentlicht? Welche Entwicklungen sind neu \u2013 und wo gibt es Ankn\u00fcpfungspunkte f\u00fcr die eigene Forschung?
\nEine Patentrecherche kann dabei auch helfen, Unternehmen, Forschungseinrichtungen oder andere Akteure zu identifizieren, die an \u00e4hnlichen Technologien arbeiten und als m\u00f6gliche Kooperationspartner infrage kommen.
\nPatentinformationen k\u00f6nnen damit eine Br\u00fccke zwischen wissenschaftlicher Erkenntnis und technologischer Entwicklung bilden.
\nEin Beispiel f\u00fcr diese Verbindung ist die Patentdatenbank Orbit Intelligence. Die Plattform kann aus wissenschaftlichen Texten technische Merkmale extrahieren und dazu passende Patentdokumente identifizieren. Lizenziert f\u00fcr Nutzende der TIB. DBIS \u2013 Orbit Intelligence
\nSo l\u00e4sst sich etwa pr\u00fcfen, in welchen Patenten bestimmte Komponenten, Verfahren oder technische Zusammenh\u00e4nge beschrieben sind. Orbit unterst\u00fctzt damit die Recherche und Analyse \u2013 ersetzt aber keine rechtliche Pr\u00fcfung von Neuheit oder erfinderischer T\u00e4tigkeit.
\nF\u00fcr Forschende entsteht so eine praktische Br\u00fccke zwischen wissenschaftlicher Publikation und Patentinformation.
\n![\"Screenshot](\"https://blog.tib.eu/wp-content/uploads/2026/10/2026-orbit_piz-1024x448.png\")
Wie aus Patentinformation und Forschungsergebnissen konkreter Technologietransfer entstehen kann, zeigt das Beispiel von Bardia Akaberi der Firma Goldhoop.
\nAusgangspunkt war die Recherche nach dem Stand der Technik, auf die dann der Schutz der Erfindung als Gebrauchsmuster DE 20 2025 003 427 folgte. Doch der Transfer endete nicht mit dem Schutzrecht. Ein funktionierender Prototyp wurde umgesetzt und in einem Video dokumentiert. Denn ein Film sagt mehr als 1.000 Bilder: Die technische Idee wird anschaulich, verst\u00e4ndlich und f\u00fcr potenzielle Kooperations- und Transferpartner unmittelbar erlebbar.
\n\u00dcber das TIB AV-Portal (https://doi.org/10.5446/73021) bleibt die Dokumentation dauerhaft auffindbar und zitierf\u00e4hig. Im TIB-Portal \u00a0k\u00f6nnen Patent, Video und wissenschaftliche Informationen miteinander verkn\u00fcpft werden.
\n![\"\"](\"https://blog.tib.eu/wp-content/uploads/2026/10/2026-dpma-1024x582.png\")
Ein Schutzrecht allein macht eine Erfindung noch nicht sichtbar. Erst wenn eine technische Entwicklung verst\u00e4ndlich, auffindbar und dauerhaft dokumentiert ist, kann daraus Interesse entstehen.
\nSichtbarkeit \u2192 Verst\u00e4ndnis \u2192 Interesse \u2192 Kontakt \u2192 Technologietransfer
\nSo wird aus gesch\u00fctztem Wissen ein anschlussf\u00e4higes Forschungsergebnis \u2013 und aus Forschung kann Innovation entstehen.
\nDie TIB macht mit Ihren Services Digitale Dienste und Dienstleistungen der TIB \u00a0Wissen dauerhaft sichtbar, recherchierbar und transferf\u00e4hig. Das PIZ Hannover an der TIB unterst\u00fctzt Sie bei den gewerblichen Schutzrechten. \u00a0So entsteht eine Br\u00fccke zwischen Forschung, Schutz und Innovation. Sprechen Sie uns gerne an!
","doi":"https://doi.org/10.65527/hbjbb-28825","guid":"https://blog.tib.eu/?p=33999","image":"https://blog.tib.eu/wp-content/uploads/2026/10/2026-dpma.png","language":"de","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791504000,"rid":"f73k7-csb39","summary":"Open Science und geistiges Eigentum werden oft als Gegens\u00e4tze verstanden: hier der freie Zugang zu Wissen, dort Patente, Urheberrechte und andere Schutzrechte. F\u00fcr den Transfer von Forschung in die Praxis greift diese Gegen\u00fcberstellung zu kurz. Die entscheidenden Fragen sind vielmehr: Was sollte offen sein, was muss gesch\u00fctzt werden \u2013 und wann?","tags":["SERVICES","Lizenz:CC-BY-4.0-INT","TIB AV-Portal","TIB-Portal","Patent"],"title":"Offen forschen, gezielt sch\u00fctzen","updated_at":1791790216,"url":"https://blog.tib.eu/2026/10/09/offen-forschen-gezielt-schuetzen/","version":"v1"}},{"document":{"authors":[{"affiliation":[{"name":"Sky Publishing Corp, Sky & Telescope"}],"contributor_roles":[],"family":"Wedel","given":"Mathew","url":"https://orcid.org/0000-0001-6082-3103"}],"blog":{"authors":[{"name":"Mike Taylor"}],"community_id":"0e13541f-417e-46c0-a859-65927249df72","created":1675209600,"current_feed_url":null,"description":"SV-POW! ... All sauropod vertebrae, except when we're talking about Open Access. ISSN 3033-3695","doi":"https://doi.org/10.59350/svpow","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/0e13541f-417e-46c0-a859-65927249df72/logo","feed_format":"application/atom+xml","feed_url":"https://svpow.com/feed/atom/","filter":null,"generator":"WordPress.com","home_page_url":"https://svpow.com","issn":"3033-3695","language":"eng","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"svpow","status":"active","subfield":"1911","title":"Sauropod Vertebra Picture of the Week","updated":1791788818,"use_api":true},"blog_name":"Sauropod Vertebra Picture of the Week","blog_slug":"svpow","content_html":"![\"\"](\"https://svpow.wordpress.com/wp-content/uploads/2026/10/2026-10-09-sulcata-rescue-on-the-move.jpg\")
I was working away at my laptop Friday afternoon when the front doorbell rang. It was a guy asking me if I was missing a tortoise. I was not, but I was curious, so I went to go see what was up.
\nThe situation in a nutshell: a decent-sized male Sulcata or African spurred tortoise, Centrochelys sulcata, had gotten loose from somewhere. The guy who rang my doorbell had seen it crossing the street in front of my house, which is reasonably busy in the late afternoon on a Friday. He didn’t want the tortoise to get hurt, so he pulled over and parked his car, moved the tortoise to a sidewalk, and called Animal Control. Then he flagged down another guy who was out on a walk to mind the tortoise while he rang doorbells to see if anyone in the nearby houses was missing a tortoise.
\nSo far so good. Except that by the time I got across the street to take a look, the random passerby tortoise-minder let the tortoise crawl under a minivan in someone’s driveway. Oops.
\n![\"\"](\"https://svpow.wordpress.com/wp-content/uploads/2026/10/tortoise-under-minivan-ant.jpg\")
Don’t worry, the tortoise was fine. That’s human blood on the plastron, from the knuckles of the other guy who helped me scoot the tortoise to freedom.
At this point, several facts about tortoises in general and about this particular tortoise become relevant:
\n![\"\"](\"https://svpow.wordpress.com/wp-content/uploads/2026/10/tortoise-under-minivan-post.jpg\")
Now the dimensions of the problem are clear. We couldn’t use a jack to lift the minivan, which didn’t belong to any of us — not the tortoise-finder, the tortoise-minder, nor me — but rather to a random semi-neighbor whose driveway happened to be tortoise-accessible. Absent lifting the vehicle, the only way to free the stuck tortoise was to sort of Tetris it backwards out of the tortuous mechanical cul-de-sac its pyramided scutes were stuck in. But every time we pushed or pulled on the tortoise, it would balk, dig its feet in, and stand up, slightly lifting the minivan and absolutely locking itself in place between a cement slab and a two-ton vehicle. So the program we settled on was this: wait for the tortoise to relax and lower its plastron to the ground, then slide it about an inch toward freedom, at which point it would freak out, stand up, and lock in, then we’d wait for it to relax again, vamp ’til fade.
\nDid I mention that it was a 70lb tortoise and we were lying full-length on the cement, arms outstretched, pushing and pulling with fingertips? It took a long time, and it was tiring. But also pretty cool, because hey, awesome animal encounter. Now I can add one-time tortoise-rescuer to one-time ostrich-herder and one-time pronghorn-racer on my life list. You know, the one titled “What Are the Freaking Chances?”
\n![\"\"](\"https://svpow.wordpress.com/wp-content/uploads/2026/10/2026-10-09-sulcata-rescue-in-the-wagon.jpg\")
Eventually we did get the tortoise out from under the vehicle, no worse for the wear. He promptly took off at a blistering 1mph, but the small group on on-lookers herded him away from the street and away from any other vehicles to hide under. While they were doing that, I ran back across the street and got a collapsible wagon out of the garage. Got the tortoise into the wagon, shook hands all around, and tortoise-sat him for the five minutes or so until Animal Control arrived. I didn’t mean to end up in charge of a tortoise, but everyone else had other places to be, and when they heard that I was a professional biologist with a lot of first-hand turtle experience, my fate was sealed.
\n![\"\"](\"https://svpow.wordpress.com/wp-content/uploads/2026/10/2026-10-09-sulcata-rescue-dragon-butt.jpg\")
BTW can we get some respect for the dragon-level scales and spurs on this tortoise’s hindlimbs and butt? I like how the end of the tail tucks in between the two big spurs on the back of the thigh. And look at the crazy scales on the hindfoot — this is the back of the hindfoot, the heel, so those aren’t claws or digits, just bigass scales.
I had assumed that this would not be the first tortoise rodeo for the Animal Control crew. Sulcatas are reasonably popular in the pet trade, because they are cute as heck when they are little, and not everyone fully thinks through the commitment of owning an animal that can grow to 200lbs, dig a burrow 100 feet long, and live 150 or 200 years. From everything I’ve ever read and from my own personal experience, essentially all turtles and tortoises are champion diggers, surprisingly good climbers, and otherwise gifted escape artists. More than one person has said they’re surprised I didn’t volunteer to keep this tortoise. I was tempted — for about five seconds. But a Sulcata is a lifestyle choice, and one I am not prepared for. I don’t want to be the distraught owner with a two-foot hole under the backyard fence and a beloved pet loose in suburbia, crossing busy streets…slowly. Besides, I already have a turtle, and Easty and the dogs are plenty of pet action for me right now (and yes, my son London understands that with any luck, Easty will become his responsibility after I’m gone — box turtles are also century-plus commitments).
\n![\"\"](\"https://svpow.wordpress.com/wp-content/uploads/2026/10/2026-10-09-sulcata-rescue-face-to-face.jpg\")
Anyway, the Animal Control guys confirmed that they get these big tortoises fairly often, they know how to care for them, and if the owner of this particular tortoise doesn’t come forward to claim him, he’ll go to a tortoise rescue. So I said farewell, and that was the end of my Friday afternoon tortoise adventure. But it is not the end of this little run of turtle posts, which started with Easty snacking on dog doo, and will continue with a speculative sauropod crossover. Stay tuned!
","doi":"https://doi.org/10.59350/qv3ms-hzc22","guid":"https://svpow.com/?p=26046","image":"https://svpow.wordpress.com/wp-content/uploads/2026/10/2026-10-09-sulcata-rescue-on-the-move.jpg?w=480","language":"en","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791763200,"rid":"x4kkd-9qc50","summary":"I was working away at my laptop Friday afternoon when the front doorbell rang. It was a guy asking me if I was missing a tortoise.","tags":["Stinkin' Every Thing That's Not A Sauropod","Stinkin' Turtles"],"title":"Friday's impromptu tortoise rescue","updated_at":1791790210,"url":"https://svpow.com/2026/10/12/fridays-impromptu-tortoise-rescue/","version":"v1"}},{"document":{"authors":[{"affiliation":[{"id":"https://ror.org/0153tk833","name":"University of Virginia"}],"contributor_roles":[],"family":"Turner","given":"Stephen","url":"https://orcid.org/0000-0001-9140-9028"}],"blog":{"authors":[{"name":"Stephen Turner"}],"community_id":"382941a7-2ffa-41df-8bbb-5f772188517f","created":1780876800,"current_feed_url":null,"description":"A practicing data scientist's take on AI, genomics, biosecurity, and the ways AI is reshaping how science gets done. Weekly updates from the field. Occasional notes on programming.","doi":"https://doi.org/10.59350/stephenturner","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/382941a7-2ffa-41df-8bbb-5f772188517f/logo","feed_format":"application/rss+xml","feed_url":"https://blog.stephenturner.us/feed","filter":null,"generator":"Substack","home_page_url":"https://blog.stephenturner.us","issn":null,"language":"eng","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"stephenturner","status":"active","subfield":"1311","title":"Paired Ends","updated":1791713927,"use_api":true},"blog_name":"Paired Ends","blog_slug":"stephenturner","content_html":"There's a funny thing that happens to me from time to time. I randomly stumble across an essay or a paper that resonates with me, sometimes one that I can't stop thinking about for days. Then I come to find out the author is a colleague here at my own University of Virginia in the building next door who I never knew of.
is a professor of psychology here at UVA (I don't know him, but hope to meet you soon, Dan, and compare notes). I just came across an essay Dan published back in August. It's good, and you should take the <5 minutes to read it in full. Even if you're not an educator, you probably still have junior folks working for you or may be doing some on-the-job training, and Dan's points are still relevant, so substitute whatever you want for \"students\" in your case.
His argument is that students should only use AI for the things they already know how to do well. Not brainstorm-with-AI-but-draft-yourself vibes, and not summarize-with-AI-but-write-the-essay-or-whatever-yourself vibes, which are what a lot of AI \"policies\" look like in higher ed, and even K-12. E.g., here are the policies from our own Albemarle County Public Schools around us here in Charlottesville Virginia:
![\"\"](\"https://substackcdn.com/image/fetch/$s_!lH-e!,f_auto,q_auto:good,fl_progressive:steep/https%3A%2F%2Fsubstack-post-media.s3.amazonaws.com%2Fpublic%2Fimages%2Ff254a632-4d6b-4a48-97f1-03af66430266_1343x1064.png\")
It wasn't Dan's conclusion that stuck with me the most. It was the way he set up the argument by contrasting the objectives of the workplace versus education.
In the workplace, the product is the thing. The report, the grant proposal, the manuscript, the R package, the Python notebook, the pitch deck, whatever. The product is the thing that matters, and here we all agree to this ideal that the human should be the lead in the driver's seat, with AI being the associate.1
In education, the product doesn't matter. The product isn't the point at all.
Students produce products, but the product is seldom the point. No one wants to read the papers they write, and the math problems they solve have no practical value. Teachers have them do these tasks because they provide practice in cognitive abilities that we think matter.
The the R/Bioconductor exercises or the journal club-like essays from landmark genomics papers I assign in my class have zero value to the outside world. They exist purely so that a student practices integrating evidence, thinking about how to tackle a problem with code (even if they'll write that code later with an AI like I do), how to build up a persuasive argument.2
Dan's argument isn't a total ban on AI in the classroom, but to only allow AI for things that the students already know well. He draws an analogy to calculators.
Once you've mastered arithmetic operations, there's no benefit to hand calculations when you're solving an algebra problem. But if you're still learning algebra, don't use the algebraic functions.
Dan goes on to steelman a few objections toward the end of the essay. I recommend reading it in full, and I'd wager after you do you'll agree with his conclusion:
Students should only use AI for things that they already know how to do well.
Further reading:
Although please, I beg you, be respectful to yourself and to your colleagues, and don't lower your intellectual value in your workplace to zero by simply being the meat proxy between me and an AI that I'm perfectly capable of interrogating myself. Your colleagues, bosses, direct reports, and students can all smell the Claudish in the parts-per-trillion from a mile away, and no one wants to spend an hour reading something you spent less than one minute \"writing.\" I'm not innocent here, but I'm trying to do better.
The vast majority of what a senior/principal scientist does in industry and academia is persuasion, sometimes in the form of persuading others to believe that our results are real and meaningful, but most often in the form of begging for money to support research and trainees.
Im Herbst 2026 wird in Berlin wieder gew\u00e4hlt. Laut dem offiziellen Internet-Auftritt der Stadt Berlin sind f\u00fcr den 20. September 2026 die Wahlen zum 20. Abgeordnetenhaus von Berlin und zu den Bezirksverordnetenversammlungen angek\u00fcndigt.
\nEin Blick in die bisher verf\u00fcgbaren Wahlprogramme legt allerdings nahe, dass die meisten Parteien den Anschluss an aktuelle Herausforderungen und Chancen einer offenen Wissenschaft f\u00fcr Berlin verpassen. Das Open Research Office Berlin hat die Programme unter die Lupe genommen und sieht die derzeitige Entwicklung kritisch. Ein Kommentar.
\n\n\nWir reduzieren Abh\u00e4ngigkeiten von propriet\u00e4ren, au\u00dfereurop\u00e4ischen Plattformen in Schulen und Hochschulen und st\u00e4rken Datenschutz, p\u00e4dagogische Freiheit und wissenschaftliche Unabh\u00e4ngigkeit. Daf\u00fcr setzen wir auf europ\u00e4ische, gemeinwohlorientierte und quelloffene L\u00f6sungen sowie offene Standards \u2013 auch beim Einsatz von KI-Systemen.
Politik \u00e4ndern, Berlin bleiben
\n\nSo sollen die Aufgaben und Forschungsfragen der Hochschulen gemeinsam mit der Stadtgesellschaft entwickelt werden und die wissenschaftlichen Ergebnisse geeignet der Stadtgesellschaft zur Verf\u00fcgung gestellt werden. Wir wollen OpenScience durch gezielte F\u00f6rderung weiter ausbauen und Forschende und Lehrende st\u00e4rker dabei unterst\u00fctzen, ihre Ergebnisse der Allgemeinheit im Sinne von OpenResearch und OpenAccess zur Verf\u00fcgung zu stellen sowie hierzu entsprechende gesetzliche Vorgaben umsetzen. Zudem sollen Ma\u00dfnahmen zur Wissenschaftskommunikation ausgebaut und abgesichert werden. Wir wollen die Senatsverwaltung in die Lage versetzen, diesen Prozess geeignet anzuregen und zu begleiten.
Berlin bezahlbar machen. Entwurf. Antrag f\u00fcr den Landesparteitag am 25. April
\n\n\nOpen-Access-Publikationen, aber auch digitale Lehr- und Lernformate sowie offene Forschungsdaten m\u00fcssen etwa durch Regelungen in den Hochschulvertr\u00e4gen unterst\u00fctzt werden. Wir werden uns auf Bundes- und europ\u00e4ischer Ebene f\u00fcr ein wissenschaftsfreundliches Urheber-, Nutzungs- und Verwertungsrecht und einen rechtlich gesicherten Ausbau der Open Access- und Open Data-Angebote einsetzen.
\n
Unser Berlin. Mehr geht nur gemeinsam
\n\nOpen-Source-Software und offene Standards treiben wir voran und st\u00e4rken damit unsere digitale Souver\u00e4nit\u00e4t. Wo sinnvoll, nutzen wir L\u00f6sungen anderer L\u00e4nder. Mehr Zentralisierung auf Bundesebene stehen wir offen gegen\u00fcber, um Effizienz zu gewinnen.
Entwurf Wahlprogramm der SPD Berlin zur Abgeordnetenhauswahl 2026
\nDas Wahlprogramm der AfD unter dem Motto „Berlin.Stark.Machen“ ist noch nicht fertig und soll erst am 30. Mai auf einem Parteitag beschlossen werden.
\nVor etwa zehn Jahren galt Berlin als Vorreiter der Open\u2011Access\u2011Bewegung. Um wissenschaftliches Wissen, das mit \u00f6ffentlichen Mitteln finanziert wird, der \u00d6ffentlichkeit zug\u00e4nglich zu machen, verabschiedete das Berliner Abgeordnetenhaus 2015 die Open-Access-Strategie Berlin .
\nSeitdem wurden mehrere Ziele erreicht. Erstmals nach Verabschiedung der Strategie haben inzwischen alle 14 Hochschulen in Berlin Open\u2011Access\u2011Beauftragte benannt, und 12 von 14 Hochschulen verf\u00fcgen \u00fcber eigene Open\u2011Access\u2011Policies. Das Land Berlin hat die Rahmenbedingungen f\u00fcr eine offene Wissenschaft kontinuierlich angepasst: Open Access wurde in den Hochschulvertr\u00e4gen verankert und seit 2021 sind Ziele f\u00fcr eine offene Wissenschaft im Berliner Hochschulgesetz festgeschrieben.
\nDie Strategie schuf durch \u00fcbergeordnete Ma\u00dfnahmen sehr gute Voraussetzungen, das Thema im Forschungsraum Berlin weiter voranzubringen. Dazu z\u00e4hlen die Einrichtung einer Landeskoordination durch das Open Research Office Berlin, die Verstetigung des F\u00f6rderprogramms zur Digitalisierung des Kulturerbes und die Etablierung des Forschungs\u2011 und Kompetenzzentrums digiS.
\nIm Februar 2025 hat sich die landesweite Arbeitsgruppe auf Leitungsebene unter dem Namen Landesinitiative Open Research Berlin neu konstituiert. Diese Arbeitsgruppe ist seit 2014 das zentrale Gremium zwischen den Wissenschafts\u2011 und Kulturerbe\u2011Einrichtungen und dem Land Berlin. Ihre Aufgaben sind unter anderem die Begleitung hochschulpolitischer Rahmenbedingungen und die F\u00f6rderung einrichtungs\u00fcbergreifender Kooperationen zum Thema Open Research.
\nDer Kulturwandel hin zu offener Wissenschaft ist in Berlin deutlich sp\u00fcrbar und wird weiter voranschreiten. Ergebnisse des Berlin Science Survey zeigen eine hohe Zustimmung zur offenen Wissenschaft. Parallel setzen nationale und internationale Initiativen Impulse \u2014 etwa die gemeinsamen Leitlinien von Bund und L\u00e4ndern zu Open Access in Deutschland, die europ\u00e4ische CoARA\u2011Erkl\u00e4rung f\u00fcr eine Reform der Forschungsbewertung und die UNESCO Open Science Recommendation. Die Berlin University Alliance (BUA) verabschiedete im Herbst 2023 ein Leitbild f\u00fcr offene Wissenschaft; jede BUA\u2011Einrichtung hat inzwischen eigene Priorit\u00e4ten zur Umsetzung festgelegt.
\nDas Open Research Office hat zudem Zielmarken f\u00fcr die Open\u2011Research\u2011Strategie Berlin ver\u00f6ffentlicht und koordiniert aktuell die Ver\u00f6ffentlichung eines Diskussionspapiers der Landesinitiative Open Research Berlin.
\nOpen Research wird k\u00fcnftig st\u00e4rker als bisher die Qualit\u00e4t des Wissenschaftsstandorts Berlin mitbestimmen. Dabei umfasst Open Research mehr als Open\u2011Access\u2011Publikationen: Die Landesinitiative versteht Open Research als gleichwertige Arbeit in den Dom\u00e4nen Wissenschaft und Kultur und betont die Bedeutung verschiedener Wissenssysteme und Fachgemeinschaften. Im Sinne der UNESCO\u2011Empfehlung geh\u00f6ren dazu offene wissenschaftliche Erkenntnisse, offene Infrastrukturen sowie die Einbindung gesellschaftlicher Akteur*innen und der Dialog mit anderen Wissenssystemen.
\nDie in Berlin etablierten Ma\u00dfnahmen sollten deshalb aufgegriffen, fortgef\u00fchrt und ausgebaut werden. In den aktuellen Entw\u00fcrfen der Wahlprogramme wird dies jedoch kaum umgesetzt.
\nB\u00fcndnis 90/Die Gr\u00fcnen formulieren digitale Souver\u00e4nit\u00e4t als Ziel und wollen Abh\u00e4ngigkeiten von propriet\u00e4ren, au\u00dfereurop\u00e4ischen Plattformen in Schulen und Hochschulen reduzieren. Die Rolle von Open Research und souver\u00e4nen, offenen Informationsinfrastrukturen f\u00fcr die Wissenschaft bleibt in ihrem Entwurf unerw\u00e4hnt.
\nDie CDU Berlin fordert, Open\u2011Access\u2011Publikationen und offene Forschungsdaten \u00fcber Regelungen in den Hochschulvertr\u00e4gen zu unterst\u00fctzen. Das ist sinnvoll, wird jedoch seit Jahren bereits praktiziert und reicht bei weitem nicht aus. Der Einsatz f\u00fcr ein wissenschaftsfreundliches Urheber\u2011, Nutzungs\u2011 und Verwertungsrecht, um den rechtlich gesicherten Ausbau von Open\u2011Access\u2011 und Open\u2011Data\u2011Angeboten zu erm\u00f6glichen, ist hingegen eine zentrale Forderung des Open Research Office Berlin.
\nDas Wahlprogramm der SPD Berlin bleibt vage: Es verweist im Wesentlichen auf zentrale Digitalisierungskompetenzen und will Open\u2011Source\u2011Software sowie offene Standards vorantreiben, um die digitale Souver\u00e4nit\u00e4t zu st\u00e4rken.
\nNur Die Linke Berlin adressiert neben Open Access auch ausdr\u00fccklich Open Science und Open Research. Sie will Open Science durch gezielte F\u00f6rderung ausbauen und Forschende sowie Lehrende st\u00e4rker darin unterst\u00fctzen, ihre Ergebnisse im Sinne von Open Research und Open Access der Allgemeinheit zug\u00e4nglich zu machen. Zudem benennt Die Linke Berlin die Senatsverwaltung als wichtigen Partner zur Gestaltung und Begleitung dieser Prozesse.
\nDar\u00fcber hinaus fordert Die Linke Berlin die Einbindung gesellschaftlicher Akteur*innen: Hochschulen sollen nicht nur ihre wissenschaftlichen Ergebnisse in geeigneter Form der Stadtgesellschaft zur Verf\u00fcgung stellen, sondern gemeinsam mit ihr Forschungsfragen entwickeln.
\nWir hoffen, dass die Parteien in ihren Programmentw\u00fcrfen noch nachjustieren und Open Research st\u00e4rker ber\u00fccksichtigen. \u00dcber Entwicklungen und Debatten berichten wir regelm\u00e4\u00dfig auf unserem Blog.
\nMaaike Duine, Georg Fischer, Maxi Kindling, Linda Martin, Maike Neufend, Heinz Pampel, Laura Rothfritz (2023). Wie es gelingt, Wissen zu demokratisieren: R\u00fcckblick auf die Diskussionsveranstaltung \"Berlin goes Open Research!?!\" im Mai 2023, Open Research Blog Berlin. https://doi.org/10.59350/fv526-nvk44.
\nZitiervorschlag f\u00fcr diesen Beitrag:\nNeufend, Maike (2026): Open Research in Berlins Wahlprogrammen 2026: Zwischenbilanz und Ern\u00fcchterung. Open Research Office Berlin. 06. Mai 2026. https://doi.org/10.59350/febth-63s37","doi":"https://doi.org/10.59350/febth-63s37","guid":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/?p=3986","language":"de","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1777939200,"rid":"ay4e8-2jc36","summary":"Im Herbst 2026 wird in Berlin wieder gew\u00e4hlt. Laut dem offiziellen Internet-Auftritt der Stadt Berlin sind f\u00fcr den 20. September 2026 die Wahlen zum 20. Abgeordnetenhaus von Berlin und zu den Bezirksverordnetenversammlungen angek\u00fcndigt.","tags":["Allgemein","Aktuelles","Berlin","Open Science","Open Research"],"title":"Open Research in Berlins Wahlprogrammen 2026: Zwischenbilanz und Ern\u00fcchterung","updated_at":1791790208,"url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/2026/05/05/open-research-berlinwahl-2026/","version":"v1"}}],"items":[{"authors":[{"affiliation":[{"id":"https://ror.org/046ak2485","name":"Freie Universit\u00e4t Berlin"}],"contributor_roles":[],"family":"Fischer","given":"Georg","url":"https://orcid.org/0000-0001-5620-5759"}],"blog":{"authors":null,"community_id":"52aefd81-f405-4349-b080-754395a5d8b2","created":1694476800,"current_feed_url":null,"description":null,"doi":"https://doi.org/10.59350/oaberlin","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/52aefd81-f405-4349-b080-754395a5d8b2/logo","feed_format":"application/atom+xml","feed_url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/feed/atom/","filter":null,"generator":"WordPress","home_page_url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin","issn":null,"language":"deu","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"oaberlin","status":"active","subfield":"1802","title":"Open Research Blog Berlin","updated":1791816513,"use_api":true},"blog_name":"Open Research Blog Berlin","blog_slug":"oaberlin","content_html":"
Unsere monatliche Rubrik zu aktuellen Veranstaltungen rund um Open Research.
\nAnmerkung zu dieser Rubrik: Das Open Research Office Berlin erstellt monatlich eine \u00dcbersicht \u00fcber Termine und Veranstaltungen zu Open Access und Open Research in Berlin bzw. an Berliner Einrichtungen. Der Fokus liegt dabei auf unseren Partnereinrichtungen und auf Veranstaltungen, die sich an die \u00d6ffentlichkeit richten bzw. die offen sind f\u00fcr Angeh\u00f6rige der Wissenschafts- und Kulturerbeeinrichtungen in Berlin. Wir erg\u00e4nzen diese Liste gerne (Info bitte via Mail ans OROB).\n\n
Wie gehen Einrichtungen des Kulturerbes mit den Zeugnissen der Vergangenheit um? Nutzen sie diese, um bestimmte Sichtweisen historischer Entwicklungen zu st\u00fctzen, oder \u00fcberlassen sie die Bewertung den Nutzenden und erm\u00f6glichen vor allem den Zugang zu den Quellen? W\u00e4hrend Museen mit kuratierten Ausstellungen h\u00e4ufig st\u00e4rker interpretierend arbeiten, verstehen sich Archive und Bibliotheken traditionell eher als Einrichtungen, die sich auf den Zugang zu ihren Best\u00e4nden konzentrieren. Diese Rollenverteilung ger\u00e4t jedoch unter Druck, wenn es um ein schwieriges Erbe \u2013 etwa rassistische oder antisemitische Zeugnisse \u2013 geht: Archive werden kritisiert, wenn sie scheinbar ungefilterten Zugang gew\u00e4hren, w\u00e4hrend zugleich geschichtspolitische Eingriffe in Kulturerbeeinrichtungen kontrovers diskutiert werden.
\n2026 findet die dritte Ausgabe des gro\u00dfen OER-Fachtags von ORCA.nrw statt. Freuen Sie sich \u00fcber den Tag hinweg auf eine spannende Keynote, Projektvorstellungen, Workshops und viel Austausch & Vernetzung!
\nIm Vortrag wird, ankn\u00fcpfend an das Blockchain-Projekt f\u00fcr digitale Zeugnisse, die EUDI-Wallet thematisiert. Die Historie der Entwicklung dieser digitalen Brieftasche auf EU-Ebene wird vorgestellt und die Funktionen und M\u00f6glichkeiten sowie Detailinformationen zur Sicherheit werden erl\u00e4utert. Der aktuelle Stand der Entwicklung wird betrachtet und in Form einer Demo wird die Nutzung an einem konkreten Beispiel veranschaulicht. Nach einem Blick auf zuk\u00fcnftige Entwicklungen im Bereich \"Digitaler Identit\u00e4ten\", wie z. B. Post-Quanten-Verschl\u00fcsselung oder Alternative Biometrische Identifikationsverfahren (AuBi) schlie\u00dft der Abend mit Raum f\u00fcr Diskussionen \u00fcber die Technologie und deren Nutzung.
\nDer Einsatz von KI Technologien erstreckt sich zunehmend auf zentrale Bereiche politischer Steuerung, von der \u00f6ffentlichen Verwaltung und der Umweltpolitik bis hin zu Grenzregimen und wirtschaftlicher Regulierung. Dabei ver\u00e4ndern sie nicht nur Verfahren; es verschieben sich Machtkonstellationen, Verantwortung und politische Handlungsspielr\u00e4ume. Das Symposium mit \u00f6ffentlicher Paneldiskussion diskutiert KI als systemische Herausforderung f\u00fcr Demokratie und Rechtsstaat. Die Veranstaltung bietet kurze Einf\u00fchrungen in verschiedene Schwerpunkte unserer Forschung und erm\u00f6glicht eine kollaborative Plattform zur Diskussion der systemischen Kosten algorithmischer Governance f\u00fcr demokratische Strukturen. Dies schafft einen offenen Raum f\u00fcr Austausch mit politischen Entscheidungstr\u00e4ger*innen, Vertreter*innen von NGOs, Forschenden sowie allen, die an der Zukunft einer digitalen Gesellschaft interessiert sind.
\nDas Digitale ist ein gro\u00dfes Versprechen: Physische R\u00e4ume und pers\u00f6nliche Speichermedien scheinen ganz \u00fcberfl\u00fcssig zu werden, die Cloud soll ortsunabh\u00e4ngigen, schnellen Zugriff und unbegrenzten Speicherplatz erm\u00f6glichen. Aber was kostet das, welche L\u00f6sungen sind sicher und umweltvertr\u00e4glich?\u00a0Gemeinsam mit bestandserhaltenden Einrichtungen und Vertreter:innen aus Wissenschaft und Forschung wollen wir das Versprechen des Digitalen \u00fcberpr\u00fcfen und konstruktive Vorschl\u00e4ge zur longue dur\u00e9e des digitalen Erbes entwickeln. Es sprechen u.v. a.: Frank Scholze (Deutsche Nationalbibliothek), Richard Ovenden (Bodleian Library Oxford) und Petra Gehring (Rat f\u00fcr Informationsinfrastrukturen).
\nDas Open Science Forum Mitteldeutschland 2026 bringt am 5. Oktober Interessierte zu einem offenen Austausch \u00fcber Open Science als Gestaltungsaufgabe zusammen. Wir widmen uns der Frage, welche Rolle wissenschaftsunterst\u00fctzende Einrichtungen spielen, wenn es um neue Ans\u00e4tze in der Forschungsbewertung, nachhaltige Infrastrukturen und digitale Souver\u00e4nit\u00e4t im Spannungsfeld geopolitischer Entwicklungen geht.
\nIn Archiven, Bibliotheken und anderen Ged\u00e4chtniseinrichtungen lagern bundesweit gef\u00e4hrdete Originale, die Meinungsvielfalt, Rechtsordnungen, historische Entwicklungen und politisches Handeln dokumentieren. Der Erhalt dieser \u00dcberlieferungen ist Grundvoraussetzung f\u00fcr eine quellen- und faktenbasierte Forschung, eine historische Aufarbeitung sowie die Sichtbarmachung gesellschaftlicher Mehrstimmigkeit und Diskurse. Originalerhalt ist grundlegender Bestandteil der Informationssicherung und ein wichtiger Beitrag zu einer lebendigen, urteilsf\u00e4higen und wehrhaften Demokratie \u2013 insbesondere angesichts der zunehmenden Bedrohung durch hybride Desinformation und andere demokratiegef\u00e4hrdende Entwicklungen.
\nDie FDM-Sprechstunde Humanities@NFDI ist eine Online-Beratung f\u00fcr Studierende, Forschende oder Mitarbeitende aus Forschungs- und Sammlungsinstitutionen zu allen Fragen rund um das Forschungsdatenmanagement. Expert:innen aus den geisteswissenschaftlichen NFDI-Konsortien NFDI4Memory, NFDI4Culture, NFDI4Objects und Text+ stehen f\u00fcr Ihre Fragen zu allen Themen rund ums Forschungsdatenmanagement bereit. Bei Bedarf k\u00f6nnen Einzelgespr\u00e4che in Breakoutr\u00e4umen vertieft werden.
\nIncreasing consolidation and commercial control over all aspects of knowledge comes at a cost. This year's theme challenges us to consider the financial, human, and environmental costs of creating, sharing, and sustaining knowledge\u2014particularly when these costs are driven by private rather than public interests. Last year's theme of \"Who owns our knowledge?\" reflected on the reality of commercial ownership of knowledge. This year's theme will reckon with the costs of that reality and avenues for reclaiming control of these systems meant to serve the public interest.
\nIn diesem Workshop lernen die Teilnehmenden datenschutzkonforme KI-Anwendungen und Einsatzm\u00f6glichkeiten kennen, die neue Wege f\u00fcr die Nachnutzung von Forschungsdaten erm\u00f6glichen und zur Verbesserung von Datenqualit\u00e4t, Metadatenverf\u00fcgbarkeit und Zug\u00e4nglichkeit beitragen. Mithilfe konkreter Anwendungsf\u00e4lle aus der Forschung werden die rechtssicheren Einsatzm\u00f6glichkeiten der KI im Datenlebenzyklus vorgestellt.
\nFaires, wissenschaftsgeleitetes Open-Access-Publizieren gewinnt zunehmend an Bedeutung, nicht zuletzt durch die Priorisierungsagenda der BUA-Einrichtungen zur Umsetzung des Open-Science-Leitbilds und das Positionspapier zu Open Research der Berliner Landesinitiative. Doch welche Alternativen zu etablierten, oft kommerziellen Publikationswegen gibt es eigentlich, und wie funktionieren sie? In diesem einst\u00fcndigen Lunch Meeting stellen wir Ihnen ausgew\u00e4hlte Orte und Tools f\u00fcr digitales Publizieren vor.
\nDer Workshop f\u00fchrt in die Grundfunktionen von OpenRefine ein und zeigt an konkreten Anwendungsf\u00e4llen, wie Forschende tabellarische Datens\u00e4tze bereinigen, strukturieren und anreichern k\u00f6nnen. Dabei werden auch geskriptete Bearbeitungsschritte sowie der Import und Export verschiedener Datenformate (CSV, XML, JSON) behandelt. OpenRefine erm\u00f6glicht nicht nur einen schnellen \u00dcberblick \u00fcber gro\u00dfe Datens\u00e4tze, sondern hilft vor allem bei heterogenen und historisch gewachsenen Datens\u00e4tze, die oft inkonsistente Metadaten aufweisen.
\nDer Workshop gibt einen \u00dcberblick \u00fcber ELN-Konzepte, zeigt relevante Forschungsdatenmanagement-Aspekte auf und bietet eine praktische Einf\u00fchrung.
\nDer Aktionstag \"Forschungsdaten@BUA\" l\u00e4dt erstmals Forschende der Berlin University Alliance herzlich ein, \u00fcber den Umgang mit Forschungsdaten ins Gespr\u00e4ch zu kommen, sich auszutauschen und zu vernetzen. Ziel ist es, Best Practices sichtbar zu machen, Erfahrungen auszutauschen und den Dialog \u00fcber den Umgang mit Forschungsdaten \u00fcber die vier BUA-H\u00e4user hinweg auszubauen.
\nIm Rahmen dieses Hands-on-Workshops werden Konzepte zum effizienten, reproduzierbaren und nachvollziehbaren Arbeiten mit Forschungsdaten vermittelt. Ziel ist es, die Teilnehmenden mit verschiedenen Werkzeugen vertraut zu machen und das Bewusstsein f\u00fcr Computational Thinking, Automatisierung sowie die Optimierung eigener Arbeitsprozesse zu sch\u00e4rfen.
\nAm 23.10.2026 von\u202f9\u201316:30\u202fUhr diskutieren Expert*innen in Berlin-Mitte im Workshop \"Resilienz & Sicherheit von wissenschaftlichen Informationsinfrastrukturen\" \u00fcber Risiken und Chancen f\u00fcr offene Forschung, digitale Souver\u00e4nit\u00e4t und Dual\u2011Use. Vortr\u00e4ge, Panels und Praxis\u2011Workshops zu MINT und Digital Humanities geben Tipps zum Datenschutz, zu Open\u2011Source\u2011L\u00f6sungen und zum Aufbau resilienter Daten\u2011Infrastrukturen.\u00a0
\nIm Forschungsalltag stehen Forschende regelm\u00e4\u00dfig vor urheberrechtlichen Fragen: Welche Inhalte darf ich in meiner Arbeit verwenden? Unter welchen Bedingungen kann ich Daten und Materialien offen teilen? Wie gehe ich mit KI-Tools und deren Trainingsdaten rechtssicher um? Dieser Workshop bietet praxisnahe Orientierung f\u00fcr den sicheren Umgang mit gesch\u00fctzten Inhalten und Lizenzen in der wissenschaftlichen Arbeit.
\nIn our three-part workshop series, we explore the relationship between the technical aspects, practical applications and critical reflection of the use of AI in research data management. Participants will learn about various AI tools and use cases for research data management, test, and develop criteria for the meaningful and responsible use of AI in their own work.
\nweiter zu November 2026
","doi":"https://doi.org/10.59350/pzvzm-f9w08","guid":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/?p=4297","language":"de","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1788220800,"rid":"208kg-aed59","summary":"Unsere monatliche Rubrik zu aktuellen Veranstaltungen rund um Open Research. Anmerkung zu dieser Rubrik: Das Open Research Office Berlin erstellt monatlich eine \u00dcbersicht \u00fcber Termine und Veranstaltungen zu Open Access und Open Research in Berlin bzw. an Berliner Einrichtungen.","tags":["Veranstaltungshinweise"],"title":"Veranstaltungshinweise Oktober 2026","updated_at":1791816913,"url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/2026/09/01/veranstaltungshinweise-oktober-2026/","version":"v1"},{"authors":[{"affiliation":[{"id":"https://ror.org/046ak2485","name":"Freie Universit\u00e4t Berlin"}],"contributor_roles":[],"family":"Fischer","given":"Georg","url":"https://orcid.org/0000-0001-5620-5759"}],"blog":{"authors":null,"community_id":"52aefd81-f405-4349-b080-754395a5d8b2","created":1694476800,"current_feed_url":null,"description":null,"doi":"https://doi.org/10.59350/oaberlin","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/52aefd81-f405-4349-b080-754395a5d8b2/logo","feed_format":"application/atom+xml","feed_url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/feed/atom/","filter":null,"generator":"WordPress","home_page_url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin","issn":null,"language":"deu","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"oaberlin","status":"active","subfield":"1802","title":"Open Research Blog Berlin","updated":1791816513,"use_api":true},"blog_name":"Open Research Blog Berlin","blog_slug":"oaberlin","content_html":"Unsere monatliche Rubrik zu aktuellen Veranstaltungen rund um Open Research.
\nAnmerkung zu dieser Rubrik: Das Open Research Office Berlin erstellt monatlich eine \u00dcbersicht \u00fcber Termine und Veranstaltungen zu Open Access und Open Research in Berlin bzw. an Berliner Einrichtungen. Der Fokus liegt dabei auf unseren Partnereinrichtungen und auf Veranstaltungen, die sich an die \u00d6ffentlichkeit richten bzw. die offen sind f\u00fcr Angeh\u00f6rige der Wissenschafts- und Kulturerbeeinrichtungen in Berlin. Wir erg\u00e4nzen diese Liste gerne (Info bitte via Mail ans OROB).\n\n
Der Verein \"museum-digital Deutschland\" veranstaltet am 30. Oktober 2026 zum vierten Mal eine bundesweite museum-digital Usertagung. Sie richtet sich an alle Nutzer:innen von museum-digital. Aber auch Interessierte, die bisher noch nicht mit museum-digital arbeiten sind herzlich eingeladen. Es wird Informationen zu den Neuerungen bei museum-digital geben sowie Projektberichte von aktiven Usern. Die Veranstaltung ist kostenfrei und findet online statt. Im Anschluss findet die Mitgliederversammlung f\u00fcr die Mitglieder des Vereins statt. Die Usertagung bietet eine Plattform, bei der Museen ihre Arbeit mit museum-digital vorstellen und sich austauschen k\u00f6nnen.
\nIm Netzwerk Recht und Open Research m\u00f6chten wir Austausch und Vernetzung zu konkreten rechtlichen Fragen bef\u00f6rdern und gemeinsam eine rechtspolitische Interessenvertretung f\u00fcr die offene Forschung initiieren. […]\u00a0Beim ersten Treffen des Netzwerks m\u00f6chten wir einen Raum \u00f6ffnen, um allgemein \u00fcber praktische und strategische Rechtsfragen rund um offene Forschung, Open Access und wissenschaftliches Publizieren zu sprechen und in den Austausch zu kommen.
\nIn dieser Fortbildung lernen Sie die Grundlagen von Open Access und offenen Lizenzen. Das Projekt open-access.network stellt neues Selbstlernmaterial zur Verf\u00fcgung. Es gibt Gelegenheit f\u00fcr \u00dcbungen und Diskussion.
\nForschungsdaten sind ein wesentlicher Bestandteil geowissenschaftlicher Forschung und sollten nach M\u00f6glichkeit offen und nachnutzbar ver\u00f6ffentlicht werden, wobei die beteiligten Forschenden und Institutionen angemessen anerkannt werden sollten. Forschungsdatenrepositorien gew\u00e4hrleisten die langfristige Verf\u00fcgbarkeit von Daten und erm\u00f6glichen deren Identifikation und Zitierbarkeit, beispielsweise durch die Vergabe von DOIs.
\nThis workshop brings together scholars committed to strengthening the reliability, transparency, and cumulative nature of research in the social sciences.
\nDie rasante Verbreitung und die niedrigschwellige Nutzung k\u00fcnstlicher Intelligenz (KI) ver\u00e4ndern nachhaltig die Forschungspraxis an Hochschulen und Wissenschaftseinrichtungen. Die automatisierte Verarbeitung gro\u00dfer Datenmengen sowie ihre Verkn\u00fcpfung und Analyse in k\u00fcrzester Zeit stellen in vielen Disziplinen etablierte Forschungsmethoden in Frage. W\u00e4hrend diese Entwicklungen in datenintensiven F\u00e4chern bereits intensiv diskutiert werden, bleibt bislang offen, welche Konsequenzen sich daraus f\u00fcr kleine F\u00e4cher ergeben.
\nOpen Access ist Gegenstand bibliotheks- und informationswissenschaftlicher Forschung. Auf Grundlage offener Metadaten l\u00e4sst sich empirisch untersuchen, wie sich Publikationsmodelle entwickeln. Die Session beleuchtet zwei sich gegenseitig bedingende Dynamiken: die kommerziell getriebene, jedoch unvollst\u00e4ndige Transformation hybrider Subskriptionszeitschriften sowie die R\u00fcckkehr von community-getragener Diamond-Open-Access-Zeitschriften zu Subskriptions- oder geb\u00fchrenbasierten Modellen.
\nThe 2026 Conference of the Barcelona Declaration on Open Research Information will bring together the international community of signatories, supporters, and other stakeholders, creating a space to advance open research information across institutional contexts and explore how to align policy and practical implementation.
\nDie Veranstaltung bietet einen Raum f\u00fcr Austausch und Diskussion zu offenen Forschungsinformationen in Deutschland. Eingeladen sind Akteure, Einrichtungen, Initiativen und Projekte, die mit Forschungsinformationssystemen, (offenen) Forschungsinformationen und Metadaten arbeiten \u2013 sowohl in der Praxis als auch auf der Ebene von Leitung, Administration, Policy und F\u00f6rderung. Ziel ist es, die teilweise fragmentierten Aktivit\u00e4ten und Communities besser zu vernetzen und offene Forschungsinformationen in der deutschen Wissenschaft \u00fcber institutionelle Grenzen hinweg voranzubringen.
\nDer Workshop \"Beyond Books\" […] beleuchtet die Bedeutung wissenschaftlicher Veranstaltungen f\u00fcr die interne Wissenschaftskommunikation. Neben Einblicken in die von Communities getragenen Plattformen f\u00fcr die Verbreitung von wissenschaftlichen Veranstaltungen wird diskutiert, welche Rolle sie in der Forschungsbewertung spielen und wie sich Metadatenstandards weiterentwickeln lassen. Der Workshop richtet sich an bibliothekarische Fachreferent:innen und hat einen interdisziplin\u00e4ren Zuschnitt. Neben Impulsen zu aktuellen Entwicklungen bietet er Raum f\u00fcr Erfahrungsaustausch und gemeinsame Diskussion dar\u00fcber, wie Bibliotheken in ihrer Rolle als Infrastrukturpartner die Forschung unterst\u00fctzen k\u00f6nnen.
\nUnter dem Leitmotiv der diesj\u00e4hrigen digiS-Konferenz \"Die Zukunft erinnert sich \u2013 Kulturerbe digital weiterdenken. Nachhaltig bewahren, offen teilen\" wollen wir aus unterschiedlichen Perspektiven mit unseren G\u00e4sten diskutieren, welche digitalen Infrastrukturen es braucht, um Kulturdaten krisenfest zu machen und handlungsf\u00e4hig zu bleiben. Wie l\u00e4sst sich Digitalisierung in Institutionen nachhaltig umsetzen? Was bedeutet eine FAIRe und offene Bereitstellung von Daten? Welche Rolle k\u00f6nnen KI-Anwendungen f\u00fcr digitale Nachhaltigkeit und Resilienz spielen? Und welche Werkzeuge, Erfahrungen und Kooperationen stehen uns bereits heute zur Verf\u00fcgung, um uns verl\u00e4sslich und l\u00f6sungsorientiert durch die vielf\u00e4ltigen Herausforderungen des digitalen (Kulturdaten-)Lebens zu bringen?
\nweiter zu Dezember 2026 [in K\u00fcrze]
","doi":"https://doi.org/10.59350/pk0be-geb91","guid":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/?p=4365","language":"de","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791763200,"rid":"zpkjd-9ap55","summary":"Unsere monatliche Rubrik zu aktuellen Veranstaltungen rund um Open Research. Anmerkung zu dieser Rubrik: Das Open Research Office Berlin erstellt monatlich eine \u00dcbersicht \u00fcber Termine und Veranstaltungen zu Open Access und Open Research in Berlin bzw. an Berliner Einrichtungen.","tags":["Allgemein","Veranstaltungshinweise"],"title":"Veranstaltungshinweise November 2026","updated_at":1791816909,"url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/2026/10/12/veranstaltungshinweise-november-2026/","version":"v1"},{"authors":[{"contributor_roles":[],"family":"Pecoraro","given":"Carlo"},{"contributor_roles":[],"family":"Doyle","given":"Maria"}],"blog":{"authors":null,"community_id":"587a81eb-1cfa-43f2-8455-dd900c261f6a","created":1754956800,"current_feed_url":null,"description":"A blog for the Bioconductor community!","doi":"https://doi.org/10.59350/bioconductor","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/587a81eb-1cfa-43f2-8455-dd900c261f6a/logo","feed_format":"application/rss+xml","feed_url":"https://blog.bioconductor.org/index.xml","filter":null,"generator":"Quarto","home_page_url":"https://blog.bioconductor.org/","issn":null,"language":"eng","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"bioconductor","status":"active","subfield":"1312","title":"Bioconductor community blog","updated":1791763200,"use_api":null},"blog_name":"Bioconductor community blog","blog_slug":"bioconductor","content_html":"
What difference can a sponsored place on a bioinformatics course make? For some researchers, it means access to training they would otherwise struggle to afford. For others, it is an opportunity to explore a new field, work through unfamiliar analytical methods, or find new ways to approach an existing research question.
\nThrough the Bioconductor\u2013Physalia collaboration, Physalia offers two free places on eligible courses to researchers based in low- and middle-income countries (LMICs). The Bioconductor Community Manager coordinates the application process and works with the Training Committee co-chairs on selecting participants, while Bioconductor helps promote the courses through its community channels. Between November 2025 and October 2026, the programme provided 18 sponsored places across nine courses, covering topics ranging from RNA-seq and proteomics to microbiome analysis, epigenomics and network biology.
\nThe aim is to make specialist training more accessible to researchers who might otherwise miss out on these opportunities. We asked participants what they found useful about their courses and how they planned to use what they had learned. Their responses offer a glimpse into the different ways the training connects with their work.
\nAccess was a recurring theme in the feedback. For Blessing Chioma Oselu, a PhD student and Bioinformatics Research Assistant at Covenant University in Nigeria, the opportunity to attend the Single-cell RNA-seq Analysis with R/Bioconductor course meant learning directly from experts and having structured materials to return to afterward.
\n\"The access to expert teaching and the structured materials were the most valuable parts for me,\" she wrote.
\nBlessing plans to continue working through the recorded sessions at her own pace. For researchers balancing training with other commitments, being able to revisit course material can be just as useful as attending the live sessions.
\nAnother participant, from Benin, came to the Epigenomics Data Analysis course without previous experience in the subject. The step-by-step walkthroughs of methods including ChIP-seq and ATAC-seq helped make the material more manageable.
\n\"I left the course at a clearly higher level than I started, and I feel ready to work with my own data when the time comes,\" the participant reflected.
\nThey also noted that opportunities like this are rare where they are based, and that support from Bioconductor and Physalia made a real difference.
\nParticipants also described how the training related to questions they were already working on, or hoped to explore.
\nFor Amira M. F. Abozaid, a PhD student and Assistant Lecturer at Alexandria University and E-JUST in Egypt, the RNA-seq data analysis with R/Bioconductor course provided a deeper understanding of the RNA-seq workflow, from quality control and normalization to differential expression and visualization.
\nAmira wrote that she had already started applying the workflows to her cancer genomics projects and sharing the skills with colleagues and students at her home institutions.
\nOther participants were looking at different applications. Idris Ishola Adejumobi, a Research Associate at the International Institute of Tropical Agriculture in Nigeria, described how the Epigenomics Data Analysis course broadened his understanding of how epigenetic variation can influence complex traits and complement genomic information in crop improvement. He also identified further training in the integration of epigenomic, genomic, and transcriptomic data as a useful next step for agricultural and plant-breeding research.
\nRabiath Adigoun, a postdoctoral researcher at the University of Abomey-Calavi in Benin, highlighted the relevance of Orchestrating Microbiome Analysis with Bioconductor to her ongoing and future research on plant microbiomes.
\n\"The expertise and methodological skills I have acquired will substantially strengthen my ongoing and future research on the plant microbiome in Benin and across Africa,\" she wrote.
\nSally Karimi Kinyua, a Research Assistant based in Kenya, attended the Network Analysis in Systems Biology with R/Bioconductor course. She hopes to apply what she learned about gene networks to research into mutations associated with malaria resistance. Sally also highlighted how the sponsored place gave her access to training that would otherwise have been out of reach because of limited resources.
\nThese examples span different fields, but the underlying theme is similar: participants are looking for ways to connect computational methods with the biological questions they want to answer.
\nSometimes, what matters most is finding a way into a subject that initially seems difficult.
\nA participant in the Statistical Methods for Metatranscriptomics course described how the practical sessions helped make complex concepts easier to follow. They particularly appreciated the explanations of foundational terminology before moving on to more technical material.
\nThe course also introduced them to ways of analysing microbial gene expression data using computational tools and reproducible workflows. Coming from a bachelor's degree background, they described it as one of their first deeper exposures to this area of bioinformatics.
\nAnother participant, Binod Rayamajhee, a Research Fellow at the Kathmandu Research Institute for Biological Sciences in Nepal, highlighted the course's combination of conceptual teaching and practical work with Bioconductor tools.
\nThe training relates directly to his work in microbiome data analysis, and he anticipates applying the methods to study host\u2013microbe interactions in bowel disease models.
\nBinod also hopes to share what he learned through workshops and one-to-one mentoring with colleagues and junior researchers, particularly those working in resource-limited settings.
\nKnowledge sharing appeared in several participants' reflections, whether through helping colleagues, teaching students, or bringing new analytical approaches into research groups.
\nSandra Achieng Otieno, an MSc student at icipe in Kenya, attended the microbiome analysis course. She was particularly interested in learning how to structure microbiome data using TreeSummarizedExperiment and how different transformations can affect downstream analyses, including diversity estimation and ordination.
\nShe hopes to apply these skills to research combining microbiome data with target gene expression and elemental analysis.
\nAs Sandra put it, the course gave her \"a clearer framework for integrating multi-omics biological data in a structured and reproducible way.\"
\nFor others, training may also open the door to contributing to Bioconductor itself. Marco Antonio Campan\u00e1rio Sampaio, a PhD student in Brazil who attended the Developing R/Bioconductor Packages for Genomics course, wrote, \"I hope to become a contributor to the Bioconductor community soon.\"
\nThese are plans at different stages, and their longer-term outcomes remain to be seen. Still, it is useful to hear participants identify specific methods they want to try, datasets they want to analyse, and colleagues with whom they hope to share their knowledge.
\nThe feedback collected so far gives us a better sense of what participants value in specialist bioinformatics training. Expert teaching and well-organised materials matter, as do practical exercises that make unfamiliar methods easier to approach. Just as importantly, participants want to connect what they learn to their own research.
\nWe would like to thank everyone who shared their reflections, along with the instructors and organisers who contributed to the courses. We'd also like to thank Laurah Nyasita Ondari for helping promote these opportunities through Bioconductor's social media channels.
\nWe hope to hear from participants again as they put their new skills into practice. In the meantime, their experiences offer a useful reminder of why access to training matters: it gives researchers more opportunities to learn new methods, explore their research questions, and contribute to the scientific communities around them.
\nFor the full list of the Physalia courses and workshops, please visit www.physalia-courses.org. To find out more about the collaboration, explore the Bioconductor-Physalia course listings, including upcoming courses and how to apply for a sponsored place.
\nInterested in developing or teaching a Bioconductor-related course? Physalia welcomes ideas from potential instructors and is happy to discuss possible topics, content and formats. Get in touch with Physalia to explore an idea.
\nThis article is also published on the Physalia website.
\n\n\u00a9 2026 Bioconductor. Content is published under Creative Commons CC-BY-4.0 License for the text and BSD 3-Clause License for any code. | R-Bloggers\n
","doi":"https://doi.org/10.59350/fv9aq-4w744","guid":"https://blog.bioconductor.org/posts/2026-10-12-physalia-sponsored-places/","image":"https://blog.bioconductor.org/posts/2026-10-12-physalia-sponsored-places/sponsored-places-map.jpg","language":"en","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791763200,"rid":"85se5-0j441","summary":"What difference can a sponsored place on a bioinformatics course make? For some researchers, it means access to training they would otherwise struggle to afford. For others, it is an opportunity to explore a new field, work through unfamiliar analytical methods, or find new ways to approach an existing research question.","tags":["Education","Collaborations","Physalia"],"title":"Beyond the course: Reflections from the Bioconductor\u2013Physalia sponsorship programme","updated_at":1791816904,"url":"https://blog.bioconductor.org/posts/2026-10-12-physalia-sponsored-places/","version":"v1"},{"authors":[{"contributor_roles":[],"family":"Fortmann-Grote","given":"Carsten","url":"https://orcid.org/0000-0002-2579-5546"}],"blog":{"authors":[{"name":"Carsten Fortmann-Grote","url":"https://orcid.org/0000-0002-2579-5546"}],"community_id":"cd9d18d0-a45a-4f7d-9672-2b7047aaf6ec","created":1780876800,"current_feed_url":null,"description":"Recent content on SciComp Blog","doi":"https://doi.org/10.59350/scicomp","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/cd9d18d0-a45a-4f7d-9672-2b7047aaf6ec/logo","feed_format":"application/rss+xml","feed_url":"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/index.xml","filter":null,"generator":"Hugo","home_page_url":"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/","issn":null,"language":"eng","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":null,"slug":"scicomp","status":"active","subfield":"1105","title":"SciComp Blog","updated":1791756000,"use_api":null},"blog_name":"SciComp Blog","blog_slug":"scicomp","content_html":"At the MPI for Evolutionary Biology we decided to move our institutional\ndatabase of chemicals from a spreadsheet document into our ELN and LIMS system\nOpenBIS (Barillari et al. 2015). Unsurprisingly, the spreadsheet is a messy\npiece of data and needed cleanup. Here, I'm documenting bits and pieces from the cleanup\nprocess using OpenRefine (Kusumasari and Fitria 24AD).
\nCleaning up the data involved:
\nThe text facet groups entries with the same Name value. Similar names appear appear adjacently if sorted alphabetically.
\nFigure 1: OpenRefine screenshot with facet on `Name` column showing 3 variants of \"Ammonium chloride\".
\nFurther \"close\"\nneighbors can be found by clustering the facet using either \"Key Collision\" or \"Nearest Neighbors\". Increase the radius parameter to find\nmore distant neighbors.
Select the values to be merged and select which value to merge into.
\n\n\nFigure 2: Cluster dialogue with clustered =Name=s using the \"Key collision\" method. Various variants of the same chemical name are identified and can be merged.
\nI need pubchem and CAS IDs. Depending on whether only one or both are missing, I have to apply a\ndifferent approaches to retrieving the missing ID(s).
\nPubchem IDs are retrieved by searching pubchem's PUG API (Kim et al. 2018).\nWe start from the Name column and select \"Add new column by fetching URLs\"\nfrom the column menu under \"Edit column\u2026\". Enter the GREL expression
![](\"https://substackcdn.com/image/fetch/$s_!Ijfn!,w_56,c_limit,f_auto,q_auto:good,fl_progressive:steep/https%3A%2F%2Fsubstack-post-media.s3.amazonaws.com%2Fpublic%2Fimages%2F4837ef94-97ad-4e8b-90f5-908cc363b846_1365x1365.jpeg\")
![](\"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/ox-hugo/2026-10-09_23-19-08_screenshot.png\"){kind=link}
![](\"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/ox-hugo/2026-10-09_23-21-20_screenshot.png\"){kind=link}
![](\"https://mpievolbio-scicomp.pages.gwdg.de/blog/ox-hugo/2026-10-12_07-52-03_screenshot.png\"){kind=link}
\"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/names/\"+escape(value, 'urlfragment').toLowercase()+\"/cids/txt\"\nExample: Pubchem ID for Sodium hydroxide (NaOH).
\nE.g. for NaOH, the request
curl \"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/naoh/cids/txt\"\ncurl command to retrieve the CID for sodium hydroxide (NaOH) from pubchem's PUG API,\n yielding
\n14798\nHere, we examplified a compound ID request. For pubchem substances, replace\ncompound by substance and cids by sids in the code above.
The PUG API exposes CAS IDs under the identifiers endpoint, setting identifier_type to \"CAS\":
\"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/\"+value+\"/identifiers/JSON?identifier_type=CAS\"\nFor our example, NaOH:
\n\ncurl \"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/14798/identifiers/JSON?identifier_type=CAS\"\ncurl command to get the CAS ID for sodium hydroxide (NaOH, CID:14798).\n{\n \"InformationList\": {\n \"Information\": [\n {\n \"CID\": 14798,\n \"Identifiers\": [\n {\n \"Type\": \"CAS\",\n \"Identifier\": \"1310-73-2\"\n },\n {\n \"Type\": \"CAS\",\n \"Identifier\": \"81133-20-2\"\n }\n ]\n }\n ]\n }\n}\nThe JSON response is then processed using the GREL function parseJson(). We\ntake the Identifiers list and wrap it in a forEach loop, taking out the\nIdentifier value from each element. The returned list of elements is finally\nconverted into a string separated by newlines.
forEach(value.parseJson().InformationList.Information[0].Identifiers,\n val,\n val.Identifier\n ).join(\"\\n\")\nChemicals often have more than one name. E.g. sodium hydroxide is variable known as NaOH, caustic soda, soda lye, etc.\nThis is further complicated by spelling variations and capitalization.\nThe database should be constructed in a way that supports searching for a given\nchemical by any of its known synonyms. In the cleanup stage, we also make use of the synonyms to check if the given\nname matches any of the synonyms obtained via the pubchem ID.
\nTo fetch the synonyms, we first run the following PUG request on the pubchem compound id column.
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/\"+value+\"/synonyms/json\"\nAs an example, to fetch the synonyms of NaOH, we run
\ncurl \"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/14798/synonyms/json\"\n{\n \"InformationList\": {\n \"Information\": [\n {\n \"CID\": 14798,\n \"Synonym\": [\n \"SODIUM HYDROXIDE\",\n \"1310-73-2\",\n \"Caustic soda\",\n \"Sodium hydrate\",\n \"Aetznatron\",\n \"Soda lye\",\n \"White caustic\",\n \"Soda, caustic\",\n \"Natriumhydroxid\",\n \"Rohrputz\",\n \"Plung\",\n \"Collo-Grillrein\",\n \"Collo-Tapetta\",\n \"Fuers Rohr\",\n \"Rohrreiniger Rofix\",\n ...\n ]\n }\n ]\n }\n}\nThe JSON response is then parsed with parseJson() and the resulting list is transformed\ninto a string of synonyms separated by newline characters:
value.parseJson()[\"InformationList\"][\"Information\"][0][\"Synonym\"].join(\"\\n\")\nA great portion of wrong pubchem IDs could be detected by checking if the\nchemical name in the spreadsheet is contained in the list of synonyms. To this end we use\nthe GREL expression
\ninArray(cells['PubChem Synonyms'].value.toLowercase().split(\"\\n\"), cells['Name'].value.toLowercase())\ninArray(list, string) returns true if string is contained in list and false otherwise.\nNote the conversion to lowercase to make strings comparable.
In many cases, the CAS ID is contained in the list of synonyms. However, this data is less\nreliable than the identifiers API endpoint used above (see here) but may serve as another cross check. To extract\nCAS IDs from the synonyms, we use the GREL function find() with the regular expression
value.find(/[0-9]{2,8}-[0-9]{2}-[0-9]{1}/).sort().join(\"\\n\")\nSince find() returns a list of matching strings, these have to be joined into a single string.
Now let's get the chemical's names. Here, we use the CAS API\n(\"CAS Common Chemistry\" 2026). It requires an authentication token passed to\nthe endpoint through a X-API-KEY header. This however is not possible in OpenRefine, which only supports passing\ndefined headers as illustrated in Figure 3.
\nFigure 3: Openrefine widget to customize certain http headers. The `X-API-KEY` header is not supported.
\nSo here I had to take a detour. I first exported the entire project to a csv\nfile (Export/Comma separated value). From the csv, I extract the column\ncontaining the cas numbers. Note that one cell may contain multiple CAS\nnumbers separated by newlines. The csv export may have introduced quotes to\ndelimit these multiline cells. Those quotes have to be removed, too. The result\nis a one column csv file with exactly one CAS ID per line. Duplicates can now\nbe removed by feeding the csv through a
sort | uniq\npipeline.
\nI then fetch the entire JSON blob of metadata on record for each CAS ID using curl. The following\nscript wraps curl with all required headers:
#! /usr/bin/bash\ncas=\"$1\"\ncurl -X 'GET' \\\n -H 'accept: application/json' \\\n -H 'x-origin: https://commonchemistry.cas.org/api-overview' \\\n -H 'X-API-KEY: <my-api-key>' \\\n \"https://commonchemistry.cas.org/direct-api/detail?cas_rn=${cas}\"\ncurl to fetch metadata records from the CAS API in JSON format.\nE.g. to get the NaOH data:
\ncas 1310-73-2\n{\"uri\":\"substance/pt/1310732\",\"rn\":\"1310-73-2\",\"name\":\"Sodium hydroxide\",\"images\":[\"<svg width=\\\"100\\\" viewBox=\\\"0 0 100 15\\\" style=\\\"fill-opacity:1; color-rendering:auto; color-interpolation:auto; text-rendering:auto; stroke:black; stroke-linecap:square; stroke-miterlimit:10; shape-rendering:auto; stroke-opacity:1; fill:black; stroke-dasharray:none; font-weight:normal; stroke-width:1; font-family:'Open Sans'; font-style:normal; stroke-linejoin:miter; font-size:12; stroke-dashoffset:0; image-rendering:auto;\\\" height=\\\"15\\\" class=\\\"cas-substance-image\\\" xmlns:xlink=\\\"http://www.w3.org/1999/xlink\\\" xmlns=\\\"http://www.w3.org/2000/svg\\\"><svg class=\\\"cas-substance-single-component\\\"><rect y=\\\"0\\\" x=\\\"0\\\" width=\\\"100\\\" stroke=\\\"none\\\" ry=\\\"7\\\" rx=\\\"7\\\" height=\\\"15\\\" fill=\\\"white\\\" class=\\\"cas-substance-group\\\"/><svg y=\\\"0\\\" x=\\\"23\\\" width=\\\"54\\\" viewBox=\\\"0 0 54 15\\\" style=\\\"fill:black;\\\" height=\\\"15\\\" class=\\\"cas-substance-single-component-image\\\"><svg><g ><g transform=\\\"translate(25,7)\\\" style=\\\"text-rendering:geometricPrecision; color-rendering:optimizeQuality; color-interpolation:linearRGB; stroke-linecap:butt; image-rendering:optimizeQuality;\\\" ><line y2=\\\"0\\\" style=\\\"fill:none;\\\" x1=\\\"-6.2109\\\" x2=\\\"9.0625\\\" y1=\\\"0\\\" /><path d=\\\"M-15.0859 4.1562 L-16.2266 4.1562 L-20.9141 -3.0312 L-20.9609 -3.0312 Q-20.8672 -1.7656 -20.8672 -0.7188 L-20.8672 4.1562 L-21.7891 4.1562 L-21.7891 -4.4062 L-20.6641 -4.4062 L-15.9922 2.75 L-15.9453 2.75 Q-15.9453 2.5938 -15.9922 1.7344 Q-16.0391 0.875 -16.0234 0.5 L-16.0234 -4.4062 L-15.0859 -4.4062 L-15.0859 4.1562 ZM-8.9297 4.1562 L-9.1328 3.2344 L-9.1797 3.2344 Q-9.6484 3.8438 -10.1328 4.0625 Q-10.6016 4.2812 -11.3203 4.2812 Q-12.2734 4.2812 -12.8203 3.7812 Q-13.3672 3.2812 -13.3672 2.375 Q-13.3672 0.4375 -10.2578 0.3438 L-9.1641 0.3125 L-9.1641 -0.0938 Q-9.1641 -0.8438 -9.4922 -1.2031 Q-9.8047 -1.5625 -10.5234 -1.5625 Q-11.3359 -1.5625 -12.3359 -1.0781 L-12.6484 -1.8281 Q-12.1641 -2.0781 -11.6016 -2.2188 Q-11.0391 -2.375 -10.4609 -2.375 Q-9.3203 -2.375 -8.7734 -1.8594 Q-8.2109 -1.3594 -8.2109 -0.2344 L-8.2109 4.1562 L-8.9297 4.1562 ZM-11.1328 3.4688 Q-10.2266 3.4688 -9.7109 2.9688 Q-9.1797 2.4688 -9.1797 1.5781 L-9.1797 1 L-10.1641 1.0312 Q-11.3203 1.0781 -11.8359 1.4062 Q-12.3359 1.7188 -12.3359 2.3906 Q-12.3359 2.9219 -12.0234 3.2031 Q-11.7109 3.4688 -11.1328 3.4688 Z\\\" style=\\\"stroke-linecap:square; stroke:none;\\\" /></g><g transform=\\\"translate(25,7)\\\" style=\\\"fill:rgb(230,0,0); text-rendering:geometricPrecision; color-rendering:optimizeQuality; image-rendering:optimizeQuality; font-family:'Open Sans'; stroke:rgb(230,0,0); color-interpolation:linearRGB;\\\" ><path style=\\\"stroke:none;\\\" d=\\\"M18.9375 -0.0703 Q18.9375 1.9922 17.8906 3.1797 Q16.8594 4.3516 15.0156 4.3516 Q13.125 4.3516 12.0938 3.1953 Q11.0625 2.0234 11.0625 -0.0859 Q11.0625 -2.1797 12.0938 -3.3203 Q13.125 -4.4766 15.0156 -4.4766 Q16.875 -4.4766 17.9062 -3.3047 Q18.9375 -2.1328 18.9375 -0.0703 ZM12.1094 -0.0703 Q12.1094 1.6641 12.8438 2.5703 Q13.5938 3.4766 15.0156 3.4766 Q16.4375 3.4766 17.1562 2.5859 Q17.8906 1.6797 17.8906 -0.0703 Q17.8906 -1.8047 17.1562 -2.6953 Q16.4375 -3.5859 15.0156 -3.5859 Q13.5938 -3.5859 12.8438 -2.6797 Q12.1094 -1.7891 12.1094 -0.0703 Z\\\" /><path style=\\\"stroke:none;\\\" d=\\\"M26.4531 4.2266 L25.4531 4.2266 L25.4531 0.1953 L20.9375 0.1953 L20.9375 4.2266 L19.9375 4.2266 L19.9375 -4.3359 L20.9375 -4.3359 L20.9375 -0.6953 L25.4531 -0.6953 L25.4531 -4.3359 L26.4531 -4.3359 L26.4531 4.2266 Z\\\" /></g></g></svg></svg></svg></svg>\"],\"inchi\":\"InChI=1S/Na.H2O/h;1H2/q+1;/p-1\",\"inchiKey\":\"InChIKey=HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M\",\"smile\":\"\",\"canonicalSmile\":\"[Na]O\",\"molecularFormula\":\"HNaO\",\"molecularMass\":\"40.00\",\"experimentalProperties\":[{\"name\":\"Boiling Point\",\"property\":\"1388 \u00b0C\",\"sourceNumber\":1},{\"name\":\"Melting Point\",\"property\":\"323 \u00b0C\",\"sourceNumber\":1},{\"name\":\"Density\",\"property\":\"2.13 g/cm\u00b3 @ Temp: 25 \u00b0C\",\"sourceNumber\":1}],\"propertyCitations\":[{\"docUri\":\"\",\"sourceNumber\":1,\"source\":\"Hazardous Substances Data Bank data were obtained from the National Library of Medicine (US)\"}],\"synonyms\":[\"Collo-Tapetta\",\"E 33\",\"Sodium hydroxide (Na(OH))\",\"ma-D 331\",\"Reasol\",\"Promoter 3308B\",\"Soda, caustic\",\"Ascarite\",\"Sodium hydroxide\",\"MeSH ID: D012972\",\"Caustic soda\",\"White caustic\",\"MO 67\",\"G 19852H\",\"StamperPrep\",\"Caustic Solution 70TW\",\"GR (alkali reagent)\",\"GR (sodium hydroxide)\",\"Tosoh Pearl\",\"BO-200B\",\"NSC 135799\",\"RNase AWAY\",\"Collo-Grillrein\",\"Aetznatron\",\"E 33 (hydroxide)\",\"DL \u03b1\",\"FC 4370\",\"S/4920/AP1\"],\"replacedRns\":[\"8012-01-9\",\"1418731-95-9\",\"2319645-49-1\",\"2391974-94-8\",\"2803584-94-1\"],\"hasMolfile\":true}\nExecuting the bash script call in a while loop then writes all CAS records in individual JSON files:
while read c\ndo\n cas $c > $c.json\ndone < cas_ids.csv\ncas_ids.csv and writing retrieved data to individual JSON files for each record.\nwhere cas_ids.csv is the aforementioned file containing on CAS ID per line.
In principle I could now use the \"Add column by fetching URLs\" function in\nopenrefine to load each JSON blob into openrefine by querying a small web server running from\nthe directory containing the JSON files. The difficulty is that there\nare multiple CAS IDs per row (I tried solving this by converting to records but\nfailed). Hence I need to load the JSON blobs while looping over the CAS IDs in a\ngiven row. Luckily, openrefine let's me write python code\u00a01:
\n\nimport os\nimport json\n\ncas_names = []\nfor val in list(set(value.split(\"\\n\"))):\n cn = None\n\n try:\n with open(os.path.join(val+\".json\"),\"r\") as ifh:\n cas_json = json.load(ifh)\n ifh.close()\n except: continue\n\n cn = cas_json.get(\"name\")\n\n if cn is not None:\n cn = cn.replace('<span class=\"text-smallcaps\">',\"\").replace('</span>',\"\").replace('<em>',\"\").replace('</em>',\"\")\n cas_names.append(cn)\n else: continue\n\n return \"\\n\".join(cas_names)\nThe .replace() calls get rid of the occasionally inserted html markup.
Having the CAS names, I can now cross check against the pubchem synonyms. I use the following GREL expression\nto check all elements in the list of CAS names against the list of pubchem synonyms, returning true if the CAS name\nis contained in the pubchem synonyms, false if not.
inArray(\n forEach(\n cells['CAS name'].value.toLowercase().split(\"\\n\"),\n cas_name,\n inArray(\n cells['PubChem Synonyms'].value.toLowercase().split(\"|\"),\n cas_name).toString()),\n \"true\"\n)\nBarillari, Caterina, Diana S. M. Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. 2015. \"openBIS ELN-LIMS: an open-source database for academic laboratories.\" Bioinformatics 32 (4). Narnia: 638\u201340. doi:10.1093/bioinformatics/btv606.
\n\"CAS Common Chemistry.\" 2026. https://commonchemistry.cas.org/api-overview.
\nKim, Sunghwan, Paul A. Thiessen, Tiejun Cheng, Bo Yu, and Evan E. Bolton. 2018. \"An Update on PUG-REST: RESTful Interface for Programmatic Access to PubChem.\" Nucleic Acids Research 46 (July): W563\u201370. doi:10.1093/nar/gky294.
\nKusumasari, Tien Fabrianti, and Fitria. 24AD. \"Data Profiling for Data Quality Improvement with OpenRefine.\" In 2016 International Conference on Information Technology Systems and Innovation (ICITSI), 1\u20136. Bandung, Indonesia: IEEE. doi:10.1109/ICITSI.2016.7858197.
\nI could have made the CAS API requests in a jython script in the first place, but only realized this after the fact.\u00a0\u21a9\ufe0e
\nThe science blog archive Rogue Scholar is paying for the Internet Archive Archive-It service to help archive participating blogs since October 2023. This week a deeper integration is launching, linking blog posts to the archived versions in the Rogue Scholar record sidebar, and linking the blog community to the Archive-It collection.
Rogue Scholar is archiving every blog post from participating blogs as HTML and PDF attachment using the PDF/A-3A archival format. The PDFs have the full-text HTML and Schema.org metadata embedded as attachments, making extraction of content and metadata much easier. The PDFs are automatically imported into the Zotero reference manager thanks to a nice intergration with Crossref and OpenAlex.
The Archive-It service archives websites, including blogs, as Web ARCive (WARC) archives, which nicely complements the approach using archival PDFs. In the past few weeks I have worked on an invenio module (invenio-archive-it) that integrates Rogue Scholar \u2013 or any other repository using the InvenioRDM repository platform \u2013 with Archive-it. The module provides two links:
Implementing this for all currently 207 participating blogs will take until the end of the year. Mainly because the process is not yet fully automated and needs some configuration work in the Archive-It web interface. But the end result is long-term archiving of participating science blogs in multiple formats and places, complementing the use of DOIs and metadata for blog posts of participating blogs.
Please reach out via Slack, email, Mastodon, or Bluesky if you have questions about the archiving blog posts.
At first glance, muddy, low-oxygen waters seem unattractive. For some highly specialized fish species, however, they are vital refuges. It is precisely these habitats that are increasingly threatened in Europe.
\n\n\n\nA new special issue in the journal Nature Conservation, recently published and edited by an expert group led by Josef Wanzenb\u00f6ck, is dedicated to these unique fish and their importance for wetland conservation.
\n\n\n\nThe special issue “Biology and conservation of wetland fishes in Europe” brings together selected papers from the international conference \"The Fish of Muddy Waters,\" which took place in Vienna in October 2025. The focus was on fish species adapted to the specific conditions of wetlands and their surrounding areas.
\n\n\n\nThese include, among others, the European mud minnow (Umbra krameri), the weatherfish (Misgurnus fossilis), and the crucian carp (Carassius carassius). At the same time, non-native fish species that have since become established in the peripheral areas of floodplains and other wetland habitats were also examined, and their impact on ecosystems was discussed.
\n\n\n\nWhat makes these fish special is their ability to cope with conditions under which many other species could not survive. In small, muddy bodies of water, oxygen levels can be very low at times. The fish species found there are adapted to these extreme conditions and can therefore provide important insights into the state of their habitat. This means that fish inhabiting wetlands are much more than just rare species. They can serve as indicators of the ecological health of their habitats. If these specialized fish are struggling, this often points to changes or a deterioration in the entire ecosystem.
\n\n\n\nFor instance, a study by Sallai et al., covers 50 years of records from Hungary, the core of the European mud minnow's range, found that the species has disappeared from 44% of its historically known localities. Its lineage is roughly 60 million years old, yet surviving populations are increasingly confined to artificial canals. In the research article, drying wetlands emerged as the clearest threat.
\n\n\n\nThe issue also offers cause for hope. Bajomi and col. showed that in two small, isolated artificial ponds, mud minnows released by conservation teams were still breeding 7 to 10 years later, which shows that carefully designed translocations can create safe refuges for the European mudminnow (Umbra krameri).
\n\n\n\nFor more research like this, access the full Special Issue here: https://natureconservation.pensoft.net/issue/5260/
\n\n\n\nThis was precisely the focus of the conference \"The Fish of Muddy Waters.\" The goal was to strengthen the link between research and conservation and to draw attention to fish species that often receive less public attention than larger or economically more significant species. The exchange between international scientists and representatives of nature conservation organizations should help to consolidate existing knowledge and develop new approaches to the protection of endangered wetland fish.
\n\n\n\nFish have always held a firm place in our culture and are closely linked to the use of water bodies. However, the little-known inhabitants of wetlands reveal another side of this relationship: they highlight just how closely the conservation of individual species is tied to the protection of their habitats. Research on these species can thus also help raise awareness of the importance of wetlands and lay the groundwork for more effective biodiversity conservation.
\n\n\n\nThis newly published special issue offers insight into current research on these specialized fish species and makes selected results of the Vienna conference accessible to an international audience of experts.
\n\n\n\nCover image credit to: Lukas Fuxjaeger
\n\n","doi":"https://doi.org/10.59350/hvxk6-e1725","guid":"https://blog.pensoft.net/?p=21171","image":"https://blog.pensoft.net/wp-content/uploads/2026/10/16_9-Journal-comms-1.png","language":"en","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791763200,"rid":"98z2a-qex83","summary":"Tweet At first glance, muddy, low-oxygen waters seem unattractive. For some highly specialized fish species, however, they are vital refuges. It is precisely these habitats that are increasingly threatened in Europe.","tags":["Nature Conservation","Biodiversity","Conservation","Crucian Carp","European Mud Minnow"],"title":"New special issue highlights threatened fish of European wetlands","updated_at":1791797711,"url":"https://blog.pensoft.net/2026/10/12/new-special-issue-highlights-threatened-fish-of-european-wetlands/","version":"v1"},{"authors":[{"contributor_roles":[],"family":"Julia Hoffmann","given":"Petra Mensing"}],"blog":{"authors":null,"community_id":"db0d8909-9e37-46d0-b16c-0551f575e86b","created":1749772800,"current_feed_url":null,"description":"Das Blog der TIB \u2013 Leibniz-Informationszentrum Technik und Naturwissenschaften und Universit\u00e4tsbibliothek","doi":"https://doi.org/10.65527/tib","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/db0d8909-9e37-46d0-b16c-0551f575e86b/logo","feed_format":"application/atom+xml","feed_url":"https://blog.tib.eu/feed/atom/","filter":null,"generator":"WordPress","home_page_url":"https://blog.tib.eu/","issn":null,"language":"deu","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.65527","relative_url":null,"secure":true,"slug":"tib","status":"active","subfield":"1802","title":"TIB-Blog","updated":1791784686,"use_api":true},"blog_name":"TIB-Blog","blog_slug":"tib","content_html":"Open Science und geistiges Eigentum werden oft als Gegens\u00e4tze verstanden: hier der freie Zugang zu Wissen, dort Patente, Urheberrechte und andere Schutzrechte. F\u00fcr den Transfer von Forschung in die Praxis greift diese Gegen\u00fcberstellung jedoch zu kurz. Die entscheidende Frage ist vielmehr: Was sollte offen sein, was muss gesch\u00fctzt werden \u2013 und wann?
\nDieser Frage wurde auf der Innovations-Roadshow des Deutschen Patent- und Markenamtes (DPMA) am 8. September 2026 in Hannover an der TIB nachgegangen.
\nForschungsergebnisse sind mehr als wissenschaftliche Publikationen. Sie entstehen als Daten, Software, Modelle, Videos, Prototypen oder technische Erfindungen. Damit stellen sich zugleich Fragen nach Zug\u00e4nglichkeit, Nachnutzung, Urheberrecht und gewerblichem Rechtsschutz.
\nWer Forschung offen zug\u00e4nglich machen und Innovation erm\u00f6glichen will, muss deshalb beides zusammendenken: Offenheit und Schutz.
\nEine wichtige Schnittstelle daf\u00fcr ist das Patentinformationszentrum (PIZ) Hannover an der TIB. Seit 1878 unterst\u00fctzt es dabei, technisches Wissen und Informationen \u00fcber Schutzrechte zug\u00e4nglich und nutzbar zu machen. Heute ist das PIZ das einzige Patentinformationszentrum in Niedersachsen und Kooperationspartner des Deutschen Patent- und Markenamts.
\nZu den kostenfreien Basisdiensten geh\u00f6ren Informationen und Fachliteratur zu Patenten und gewerblichen Schutzrechten, Unterst\u00fctzung bei Recherchen in Patent- und Schutzrechtsdatenbanken sowie Informationen zu nationalen und internationalen Schutzrechtsverfahren. Veranstaltungen und Sensibilisierungsangebote vermitteln zudem Grundlagen des gewerblichen Rechtsschutzes.
\nDabei versteht sich das PIZ Hannover als neutrale Lotsenstelle: Die kostenfreie Erfindererstberatung kann bei Bedarf zu IHK oder Patentanwaltschaft weiterf\u00fchren. F\u00fcr spezialisierte Recherchen, Analysen oder Patentstatistiken werden geeignete Anbieter und Einrichtungen vermittelt. Auch bei Fragen zu Verwertung, Schutzrechtsmanagement oder F\u00f6rderm\u00f6glichkeiten verweist das PIZ auf die jeweils zust\u00e4ndigen Stellen.
\nSo bietet das PIZ einen kostenfreien, neutralen und niedrigschwelligen Zugang zu Informationen und Orientierung im Netzwerk der Schutzrechts- und F\u00f6rderangebote.
\nF\u00fcr Forschende beginnt der Mehrwert oft schon vor einer Patentanmeldung: Welche L\u00f6sungen gibt es bereits? Was wurde schon ver\u00f6ffentlicht? Welche Entwicklungen sind neu \u2013 und wo gibt es Ankn\u00fcpfungspunkte f\u00fcr die eigene Forschung?
\nEine Patentrecherche kann dabei auch helfen, Unternehmen, Forschungseinrichtungen oder andere Akteure zu identifizieren, die an \u00e4hnlichen Technologien arbeiten und als m\u00f6gliche Kooperationspartner infrage kommen.
\nPatentinformationen k\u00f6nnen damit eine Br\u00fccke zwischen wissenschaftlicher Erkenntnis und technologischer Entwicklung bilden.
\nEin Beispiel f\u00fcr diese Verbindung ist die Patentdatenbank Orbit Intelligence. Die Plattform kann aus wissenschaftlichen Texten technische Merkmale extrahieren und dazu passende Patentdokumente identifizieren. Lizenziert f\u00fcr Nutzende der TIB. DBIS \u2013 Orbit Intelligence
\nSo l\u00e4sst sich etwa pr\u00fcfen, in welchen Patenten bestimmte Komponenten, Verfahren oder technische Zusammenh\u00e4nge beschrieben sind. Orbit unterst\u00fctzt damit die Recherche und Analyse \u2013 ersetzt aber keine rechtliche Pr\u00fcfung von Neuheit oder erfinderischer T\u00e4tigkeit.
\nF\u00fcr Forschende entsteht so eine praktische Br\u00fccke zwischen wissenschaftlicher Publikation und Patentinformation.
\nWie aus Patentinformation und Forschungsergebnissen konkreter Technologietransfer entstehen kann, zeigt das Beispiel von Bardia Akaberi der Firma Goldhoop.
\nAusgangspunkt war die Recherche nach dem Stand der Technik, auf die dann der Schutz der Erfindung als Gebrauchsmuster DE 20 2025 003 427 folgte. Doch der Transfer endete nicht mit dem Schutzrecht. Ein funktionierender Prototyp wurde umgesetzt und in einem Video dokumentiert. Denn ein Film sagt mehr als 1.000 Bilder: Die technische Idee wird anschaulich, verst\u00e4ndlich und f\u00fcr potenzielle Kooperations- und Transferpartner unmittelbar erlebbar.
\n\u00dcber das TIB AV-Portal (https://doi.org/10.5446/73021) bleibt die Dokumentation dauerhaft auffindbar und zitierf\u00e4hig. Im TIB-Portal \u00a0k\u00f6nnen Patent, Video und wissenschaftliche Informationen miteinander verkn\u00fcpft werden.
\nEin Schutzrecht allein macht eine Erfindung noch nicht sichtbar. Erst wenn eine technische Entwicklung verst\u00e4ndlich, auffindbar und dauerhaft dokumentiert ist, kann daraus Interesse entstehen.
\nSichtbarkeit \u2192 Verst\u00e4ndnis \u2192 Interesse \u2192 Kontakt \u2192 Technologietransfer
\nSo wird aus gesch\u00fctztem Wissen ein anschlussf\u00e4higes Forschungsergebnis \u2013 und aus Forschung kann Innovation entstehen.
\nDie TIB macht mit Ihren Services Digitale Dienste und Dienstleistungen der TIB \u00a0Wissen dauerhaft sichtbar, recherchierbar und transferf\u00e4hig. Das PIZ Hannover an der TIB unterst\u00fctzt Sie bei den gewerblichen Schutzrechten. \u00a0So entsteht eine Br\u00fccke zwischen Forschung, Schutz und Innovation. Sprechen Sie uns gerne an!
","doi":"https://doi.org/10.65527/hbjbb-28825","guid":"https://blog.tib.eu/?p=33999","image":"https://blog.tib.eu/wp-content/uploads/2026/10/2026-dpma.png","language":"de","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791504000,"rid":"f73k7-csb39","summary":"Open Science und geistiges Eigentum werden oft als Gegens\u00e4tze verstanden: hier der freie Zugang zu Wissen, dort Patente, Urheberrechte und andere Schutzrechte. F\u00fcr den Transfer von Forschung in die Praxis greift diese Gegen\u00fcberstellung zu kurz. Die entscheidenden Fragen sind vielmehr: Was sollte offen sein, was muss gesch\u00fctzt werden \u2013 und wann?","tags":["SERVICES","Lizenz:CC-BY-4.0-INT","TIB AV-Portal","TIB-Portal","Patent"],"title":"Offen forschen, gezielt sch\u00fctzen","updated_at":1791790216,"url":"https://blog.tib.eu/2026/10/09/offen-forschen-gezielt-schuetzen/","version":"v1"},{"authors":[{"affiliation":[{"name":"Sky Publishing Corp, Sky & Telescope"}],"contributor_roles":[],"family":"Wedel","given":"Mathew","url":"https://orcid.org/0000-0001-6082-3103"}],"blog":{"authors":[{"name":"Mike Taylor"}],"community_id":"0e13541f-417e-46c0-a859-65927249df72","created":1675209600,"current_feed_url":null,"description":"SV-POW! ... All sauropod vertebrae, except when we're talking about Open Access. ISSN 3033-3695","doi":"https://doi.org/10.59350/svpow","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/0e13541f-417e-46c0-a859-65927249df72/logo","feed_format":"application/atom+xml","feed_url":"https://svpow.com/feed/atom/","filter":null,"generator":"WordPress.com","home_page_url":"https://svpow.com","issn":"3033-3695","language":"eng","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"svpow","status":"active","subfield":"1911","title":"Sauropod Vertebra Picture of the Week","updated":1791788818,"use_api":true},"blog_name":"Sauropod Vertebra Picture of the Week","blog_slug":"svpow","content_html":"
I was working away at my laptop Friday afternoon when the front doorbell rang. It was a guy asking me if I was missing a tortoise. I was not, but I was curious, so I went to go see what was up.
\nThe situation in a nutshell: a decent-sized male Sulcata or African spurred tortoise, Centrochelys sulcata, had gotten loose from somewhere. The guy who rang my doorbell had seen it crossing the street in front of my house, which is reasonably busy in the late afternoon on a Friday. He didn’t want the tortoise to get hurt, so he pulled over and parked his car, moved the tortoise to a sidewalk, and called Animal Control. Then he flagged down another guy who was out on a walk to mind the tortoise while he rang doorbells to see if anyone in the nearby houses was missing a tortoise.
\nSo far so good. Except that by the time I got across the street to take a look, the random passerby tortoise-minder let the tortoise crawl under a minivan in someone’s driveway. Oops.
\nDon’t worry, the tortoise was fine. That’s human blood on the plastron, from the knuckles of the other guy who helped me scoot the tortoise to freedom.
At this point, several facts about tortoises in general and about this particular tortoise become relevant:
\n
Now the dimensions of the problem are clear. We couldn’t use a jack to lift the minivan, which didn’t belong to any of us — not the tortoise-finder, the tortoise-minder, nor me — but rather to a random semi-neighbor whose driveway happened to be tortoise-accessible. Absent lifting the vehicle, the only way to free the stuck tortoise was to sort of Tetris it backwards out of the tortuous mechanical cul-de-sac its pyramided scutes were stuck in. But every time we pushed or pulled on the tortoise, it would balk, dig its feet in, and stand up, slightly lifting the minivan and absolutely locking itself in place between a cement slab and a two-ton vehicle. So the program we settled on was this: wait for the tortoise to relax and lower its plastron to the ground, then slide it about an inch toward freedom, at which point it would freak out, stand up, and lock in, then we’d wait for it to relax again, vamp ’til fade.
\nDid I mention that it was a 70lb tortoise and we were lying full-length on the cement, arms outstretched, pushing and pulling with fingertips? It took a long time, and it was tiring. But also pretty cool, because hey, awesome animal encounter. Now I can add one-time tortoise-rescuer to one-time ostrich-herder and one-time pronghorn-racer on my life list. You know, the one titled “What Are the Freaking Chances?”
\n
Eventually we did get the tortoise out from under the vehicle, no worse for the wear. He promptly took off at a blistering 1mph, but the small group on on-lookers herded him away from the street and away from any other vehicles to hide under. While they were doing that, I ran back across the street and got a collapsible wagon out of the garage. Got the tortoise into the wagon, shook hands all around, and tortoise-sat him for the five minutes or so until Animal Control arrived. I didn’t mean to end up in charge of a tortoise, but everyone else had other places to be, and when they heard that I was a professional biologist with a lot of first-hand turtle experience, my fate was sealed.
\nBTW can we get some respect for the dragon-level scales and spurs on this tortoise’s hindlimbs and butt? I like how the end of the tail tucks in between the two big spurs on the back of the thigh. And look at the crazy scales on the hindfoot — this is the back of the hindfoot, the heel, so those aren’t claws or digits, just bigass scales.
I had assumed that this would not be the first tortoise rodeo for the Animal Control crew. Sulcatas are reasonably popular in the pet trade, because they are cute as heck when they are little, and not everyone fully thinks through the commitment of owning an animal that can grow to 200lbs, dig a burrow 100 feet long, and live 150 or 200 years. From everything I’ve ever read and from my own personal experience, essentially all turtles and tortoises are champion diggers, surprisingly good climbers, and otherwise gifted escape artists. More than one person has said they’re surprised I didn’t volunteer to keep this tortoise. I was tempted — for about five seconds. But a Sulcata is a lifestyle choice, and one I am not prepared for. I don’t want to be the distraught owner with a two-foot hole under the backyard fence and a beloved pet loose in suburbia, crossing busy streets…slowly. Besides, I already have a turtle, and Easty and the dogs are plenty of pet action for me right now (and yes, my son London understands that with any luck, Easty will become his responsibility after I’m gone — box turtles are also century-plus commitments).
\n
Anyway, the Animal Control guys confirmed that they get these big tortoises fairly often, they know how to care for them, and if the owner of this particular tortoise doesn’t come forward to claim him, he’ll go to a tortoise rescue. So I said farewell, and that was the end of my Friday afternoon tortoise adventure. But it is not the end of this little run of turtle posts, which started with Easty snacking on dog doo, and will continue with a speculative sauropod crossover. Stay tuned!
","doi":"https://doi.org/10.59350/qv3ms-hzc22","guid":"https://svpow.com/?p=26046","image":"https://svpow.wordpress.com/wp-content/uploads/2026/10/2026-10-09-sulcata-rescue-on-the-move.jpg?w=480","language":"en","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1791763200,"rid":"x4kkd-9qc50","summary":"I was working away at my laptop Friday afternoon when the front doorbell rang. It was a guy asking me if I was missing a tortoise.","tags":["Stinkin' Every Thing That's Not A Sauropod","Stinkin' Turtles"],"title":"Friday's impromptu tortoise rescue","updated_at":1791790210,"url":"https://svpow.com/2026/10/12/fridays-impromptu-tortoise-rescue/","version":"v1"},{"authors":[{"affiliation":[{"id":"https://ror.org/0153tk833","name":"University of Virginia"}],"contributor_roles":[],"family":"Turner","given":"Stephen","url":"https://orcid.org/0000-0001-9140-9028"}],"blog":{"authors":[{"name":"Stephen Turner"}],"community_id":"382941a7-2ffa-41df-8bbb-5f772188517f","created":1780876800,"current_feed_url":null,"description":"A practicing data scientist's take on AI, genomics, biosecurity, and the ways AI is reshaping how science gets done. Weekly updates from the field. Occasional notes on programming.","doi":"https://doi.org/10.59350/stephenturner","favicon":"https://rogue-scholar.org/api/communities/382941a7-2ffa-41df-8bbb-5f772188517f/logo","feed_format":"application/rss+xml","feed_url":"https://blog.stephenturner.us/feed","filter":null,"generator":"Substack","home_page_url":"https://blog.stephenturner.us","issn":null,"language":"eng","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","prefix":"10.59350","relative_url":null,"secure":true,"slug":"stephenturner","status":"active","subfield":"1311","title":"Paired Ends","updated":1791713927,"use_api":true},"blog_name":"Paired Ends","blog_slug":"stephenturner","content_html":"There's a funny thing that happens to me from time to time. I randomly stumble across an essay or a paper that resonates with me, sometimes one that I can't stop thinking about for days. Then I come to find out the author is a colleague here at my own University of Virginia in the building next door who I never knew of.
is a professor of psychology here at UVA (I don't know him, but hope to meet you soon, Dan, and compare notes). I just came across an essay Dan published back in August. It's good, and you should take the <5 minutes to read it in full. Even if you're not an educator, you probably still have junior folks working for you or may be doing some on-the-job training, and Dan's points are still relevant, so substitute whatever you want for \"students\" in your case.
His argument is that students should only use AI for the things they already know how to do well. Not brainstorm-with-AI-but-draft-yourself vibes, and not summarize-with-AI-but-write-the-essay-or-whatever-yourself vibes, which are what a lot of AI \"policies\" look like in higher ed, and even K-12. E.g., here are the policies from our own Albemarle County Public Schools around us here in Charlottesville Virginia:
It wasn't Dan's conclusion that stuck with me the most. It was the way he set up the argument by contrasting the objectives of the workplace versus education.
In the workplace, the product is the thing. The report, the grant proposal, the manuscript, the R package, the Python notebook, the pitch deck, whatever. The product is the thing that matters, and here we all agree to this ideal that the human should be the lead in the driver's seat, with AI being the associate.1
In education, the product doesn't matter. The product isn't the point at all.
Students produce products, but the product is seldom the point. No one wants to read the papers they write, and the math problems they solve have no practical value. Teachers have them do these tasks because they provide practice in cognitive abilities that we think matter.
The the R/Bioconductor exercises or the journal club-like essays from landmark genomics papers I assign in my class have zero value to the outside world. They exist purely so that a student practices integrating evidence, thinking about how to tackle a problem with code (even if they'll write that code later with an AI like I do), how to build up a persuasive argument.2
Dan's argument isn't a total ban on AI in the classroom, but to only allow AI for things that the students already know well. He draws an analogy to calculators.
Once you've mastered arithmetic operations, there's no benefit to hand calculations when you're solving an algebra problem. But if you're still learning algebra, don't use the algebraic functions.
Dan goes on to steelman a few objections toward the end of the essay. I recommend reading it in full, and I'd wager after you do you'll agree with his conclusion:
Students should only use AI for things that they already know how to do well.
Further reading:
Although please, I beg you, be respectful to yourself and to your colleagues, and don't lower your intellectual value in your workplace to zero by simply being the meat proxy between me and an AI that I'm perfectly capable of interrogating myself. Your colleagues, bosses, direct reports, and students can all smell the Claudish in the parts-per-trillion from a mile away, and no one wants to spend an hour reading something you spent less than one minute \"writing.\" I'm not innocent here, but I'm trying to do better.
The vast majority of what a senior/principal scientist does in industry and academia is persuasion, sometimes in the form of persuading others to believe that our results are real and meaningful, but most often in the form of begging for money to support research and trainees.
Im Herbst 2026 wird in Berlin wieder gew\u00e4hlt. Laut dem offiziellen Internet-Auftritt der Stadt Berlin sind f\u00fcr den 20. September 2026 die Wahlen zum 20. Abgeordnetenhaus von Berlin und zu den Bezirksverordnetenversammlungen angek\u00fcndigt.
\nEin Blick in die bisher verf\u00fcgbaren Wahlprogramme legt allerdings nahe, dass die meisten Parteien den Anschluss an aktuelle Herausforderungen und Chancen einer offenen Wissenschaft f\u00fcr Berlin verpassen. Das Open Research Office Berlin hat die Programme unter die Lupe genommen und sieht die derzeitige Entwicklung kritisch. Ein Kommentar.
\n\n\nWir reduzieren Abh\u00e4ngigkeiten von propriet\u00e4ren, au\u00dfereurop\u00e4ischen Plattformen in Schulen und Hochschulen und st\u00e4rken Datenschutz, p\u00e4dagogische Freiheit und wissenschaftliche Unabh\u00e4ngigkeit. Daf\u00fcr setzen wir auf europ\u00e4ische, gemeinwohlorientierte und quelloffene L\u00f6sungen sowie offene Standards \u2013 auch beim Einsatz von KI-Systemen.
Politik \u00e4ndern, Berlin bleiben
\n\nSo sollen die Aufgaben und Forschungsfragen der Hochschulen gemeinsam mit der Stadtgesellschaft entwickelt werden und die wissenschaftlichen Ergebnisse geeignet der Stadtgesellschaft zur Verf\u00fcgung gestellt werden. Wir wollen OpenScience durch gezielte F\u00f6rderung weiter ausbauen und Forschende und Lehrende st\u00e4rker dabei unterst\u00fctzen, ihre Ergebnisse der Allgemeinheit im Sinne von OpenResearch und OpenAccess zur Verf\u00fcgung zu stellen sowie hierzu entsprechende gesetzliche Vorgaben umsetzen. Zudem sollen Ma\u00dfnahmen zur Wissenschaftskommunikation ausgebaut und abgesichert werden. Wir wollen die Senatsverwaltung in die Lage versetzen, diesen Prozess geeignet anzuregen und zu begleiten.
Berlin bezahlbar machen. Entwurf. Antrag f\u00fcr den Landesparteitag am 25. April
\n\n\nOpen-Access-Publikationen, aber auch digitale Lehr- und Lernformate sowie offene Forschungsdaten m\u00fcssen etwa durch Regelungen in den Hochschulvertr\u00e4gen unterst\u00fctzt werden. Wir werden uns auf Bundes- und europ\u00e4ischer Ebene f\u00fcr ein wissenschaftsfreundliches Urheber-, Nutzungs- und Verwertungsrecht und einen rechtlich gesicherten Ausbau der Open Access- und Open Data-Angebote einsetzen.
\n
Unser Berlin. Mehr geht nur gemeinsam
\n\nOpen-Source-Software und offene Standards treiben wir voran und st\u00e4rken damit unsere digitale Souver\u00e4nit\u00e4t. Wo sinnvoll, nutzen wir L\u00f6sungen anderer L\u00e4nder. Mehr Zentralisierung auf Bundesebene stehen wir offen gegen\u00fcber, um Effizienz zu gewinnen.
Entwurf Wahlprogramm der SPD Berlin zur Abgeordnetenhauswahl 2026
\nDas Wahlprogramm der AfD unter dem Motto „Berlin.Stark.Machen“ ist noch nicht fertig und soll erst am 30. Mai auf einem Parteitag beschlossen werden.
\nVor etwa zehn Jahren galt Berlin als Vorreiter der Open\u2011Access\u2011Bewegung. Um wissenschaftliches Wissen, das mit \u00f6ffentlichen Mitteln finanziert wird, der \u00d6ffentlichkeit zug\u00e4nglich zu machen, verabschiedete das Berliner Abgeordnetenhaus 2015 die Open-Access-Strategie Berlin .
\nSeitdem wurden mehrere Ziele erreicht. Erstmals nach Verabschiedung der Strategie haben inzwischen alle 14 Hochschulen in Berlin Open\u2011Access\u2011Beauftragte benannt, und 12 von 14 Hochschulen verf\u00fcgen \u00fcber eigene Open\u2011Access\u2011Policies. Das Land Berlin hat die Rahmenbedingungen f\u00fcr eine offene Wissenschaft kontinuierlich angepasst: Open Access wurde in den Hochschulvertr\u00e4gen verankert und seit 2021 sind Ziele f\u00fcr eine offene Wissenschaft im Berliner Hochschulgesetz festgeschrieben.
\nDie Strategie schuf durch \u00fcbergeordnete Ma\u00dfnahmen sehr gute Voraussetzungen, das Thema im Forschungsraum Berlin weiter voranzubringen. Dazu z\u00e4hlen die Einrichtung einer Landeskoordination durch das Open Research Office Berlin, die Verstetigung des F\u00f6rderprogramms zur Digitalisierung des Kulturerbes und die Etablierung des Forschungs\u2011 und Kompetenzzentrums digiS.
\nIm Februar 2025 hat sich die landesweite Arbeitsgruppe auf Leitungsebene unter dem Namen Landesinitiative Open Research Berlin neu konstituiert. Diese Arbeitsgruppe ist seit 2014 das zentrale Gremium zwischen den Wissenschafts\u2011 und Kulturerbe\u2011Einrichtungen und dem Land Berlin. Ihre Aufgaben sind unter anderem die Begleitung hochschulpolitischer Rahmenbedingungen und die F\u00f6rderung einrichtungs\u00fcbergreifender Kooperationen zum Thema Open Research.
\nDer Kulturwandel hin zu offener Wissenschaft ist in Berlin deutlich sp\u00fcrbar und wird weiter voranschreiten. Ergebnisse des Berlin Science Survey zeigen eine hohe Zustimmung zur offenen Wissenschaft. Parallel setzen nationale und internationale Initiativen Impulse \u2014 etwa die gemeinsamen Leitlinien von Bund und L\u00e4ndern zu Open Access in Deutschland, die europ\u00e4ische CoARA\u2011Erkl\u00e4rung f\u00fcr eine Reform der Forschungsbewertung und die UNESCO Open Science Recommendation. Die Berlin University Alliance (BUA) verabschiedete im Herbst 2023 ein Leitbild f\u00fcr offene Wissenschaft; jede BUA\u2011Einrichtung hat inzwischen eigene Priorit\u00e4ten zur Umsetzung festgelegt.
\nDas Open Research Office hat zudem Zielmarken f\u00fcr die Open\u2011Research\u2011Strategie Berlin ver\u00f6ffentlicht und koordiniert aktuell die Ver\u00f6ffentlichung eines Diskussionspapiers der Landesinitiative Open Research Berlin.
\nOpen Research wird k\u00fcnftig st\u00e4rker als bisher die Qualit\u00e4t des Wissenschaftsstandorts Berlin mitbestimmen. Dabei umfasst Open Research mehr als Open\u2011Access\u2011Publikationen: Die Landesinitiative versteht Open Research als gleichwertige Arbeit in den Dom\u00e4nen Wissenschaft und Kultur und betont die Bedeutung verschiedener Wissenssysteme und Fachgemeinschaften. Im Sinne der UNESCO\u2011Empfehlung geh\u00f6ren dazu offene wissenschaftliche Erkenntnisse, offene Infrastrukturen sowie die Einbindung gesellschaftlicher Akteur*innen und der Dialog mit anderen Wissenssystemen.
\nDie in Berlin etablierten Ma\u00dfnahmen sollten deshalb aufgegriffen, fortgef\u00fchrt und ausgebaut werden. In den aktuellen Entw\u00fcrfen der Wahlprogramme wird dies jedoch kaum umgesetzt.
\nB\u00fcndnis 90/Die Gr\u00fcnen formulieren digitale Souver\u00e4nit\u00e4t als Ziel und wollen Abh\u00e4ngigkeiten von propriet\u00e4ren, au\u00dfereurop\u00e4ischen Plattformen in Schulen und Hochschulen reduzieren. Die Rolle von Open Research und souver\u00e4nen, offenen Informationsinfrastrukturen f\u00fcr die Wissenschaft bleibt in ihrem Entwurf unerw\u00e4hnt.
\nDie CDU Berlin fordert, Open\u2011Access\u2011Publikationen und offene Forschungsdaten \u00fcber Regelungen in den Hochschulvertr\u00e4gen zu unterst\u00fctzen. Das ist sinnvoll, wird jedoch seit Jahren bereits praktiziert und reicht bei weitem nicht aus. Der Einsatz f\u00fcr ein wissenschaftsfreundliches Urheber\u2011, Nutzungs\u2011 und Verwertungsrecht, um den rechtlich gesicherten Ausbau von Open\u2011Access\u2011 und Open\u2011Data\u2011Angeboten zu erm\u00f6glichen, ist hingegen eine zentrale Forderung des Open Research Office Berlin.
\nDas Wahlprogramm der SPD Berlin bleibt vage: Es verweist im Wesentlichen auf zentrale Digitalisierungskompetenzen und will Open\u2011Source\u2011Software sowie offene Standards vorantreiben, um die digitale Souver\u00e4nit\u00e4t zu st\u00e4rken.
\nNur Die Linke Berlin adressiert neben Open Access auch ausdr\u00fccklich Open Science und Open Research. Sie will Open Science durch gezielte F\u00f6rderung ausbauen und Forschende sowie Lehrende st\u00e4rker darin unterst\u00fctzen, ihre Ergebnisse im Sinne von Open Research und Open Access der Allgemeinheit zug\u00e4nglich zu machen. Zudem benennt Die Linke Berlin die Senatsverwaltung als wichtigen Partner zur Gestaltung und Begleitung dieser Prozesse.
\nDar\u00fcber hinaus fordert Die Linke Berlin die Einbindung gesellschaftlicher Akteur*innen: Hochschulen sollen nicht nur ihre wissenschaftlichen Ergebnisse in geeigneter Form der Stadtgesellschaft zur Verf\u00fcgung stellen, sondern gemeinsam mit ihr Forschungsfragen entwickeln.
\nWir hoffen, dass die Parteien in ihren Programmentw\u00fcrfen noch nachjustieren und Open Research st\u00e4rker ber\u00fccksichtigen. \u00dcber Entwicklungen und Debatten berichten wir regelm\u00e4\u00dfig auf unserem Blog.
\nMaaike Duine, Georg Fischer, Maxi Kindling, Linda Martin, Maike Neufend, Heinz Pampel, Laura Rothfritz (2023). Wie es gelingt, Wissen zu demokratisieren: R\u00fcckblick auf die Diskussionsveranstaltung \"Berlin goes Open Research!?!\" im Mai 2023, Open Research Blog Berlin. https://doi.org/10.59350/fv526-nvk44.
\nZitiervorschlag f\u00fcr diesen Beitrag:\nNeufend, Maike (2026): Open Research in Berlins Wahlprogrammen 2026: Zwischenbilanz und Ern\u00fcchterung. Open Research Office Berlin. 06. Mai 2026. https://doi.org/10.59350/febth-63s37","doi":"https://doi.org/10.59350/febth-63s37","guid":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/?p=3986","language":"de","license":"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode","published_at":1777939200,"rid":"ay4e8-2jc36","summary":"Im Herbst 2026 wird in Berlin wieder gew\u00e4hlt. Laut dem offiziellen Internet-Auftritt der Stadt Berlin sind f\u00fcr den 20. September 2026 die Wahlen zum 20. Abgeordnetenhaus von Berlin und zu den Bezirksverordnetenversammlungen angek\u00fcndigt.","tags":["Allgemein","Aktuelles","Berlin","Open Science","Open Research"],"title":"Open Research in Berlins Wahlprogrammen 2026: Zwischenbilanz und Ern\u00fcchterung","updated_at":1791790208,"url":"https://blogs.fu-berlin.de/open-research-berlin/2026/05/05/open-research-berlinwahl-2026/","version":"v1"}],"out_of":57785,"page":1,"per_page":10,"total-results":57785}